123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5416 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  100 
 
 
588 aa  1201    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  46.76 
 
 
509 aa  332  9e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  28.98 
 
 
550 aa  211  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  28.01 
 
 
605 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  29.16 
 
 
593 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  35.23 
 
 
566 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  30.61 
 
 
430 aa  173  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.87 
 
 
434 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  30.67 
 
 
436 aa  163  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25.76 
 
 
581 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  25.7 
 
 
566 aa  154  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  26.92 
 
 
563 aa  154  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  26.92 
 
 
589 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  33.23 
 
 
388 aa  143  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  28.69 
 
 
441 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  34.93 
 
 
533 aa  136  9e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  32.91 
 
 
538 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  26.2 
 
 
529 aa  133  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  27.02 
 
 
602 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  23.63 
 
 
568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  31.85 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  28.39 
 
 
386 aa  128  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  32.44 
 
 
401 aa  127  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  32.12 
 
 
618 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  28.79 
 
 
687 aa  126  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  28.16 
 
 
646 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  23.31 
 
 
616 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  28.91 
 
 
548 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  27.65 
 
 
635 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  30.12 
 
 
662 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  29.44 
 
 
540 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  26.81 
 
 
535 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  29.89 
 
 
358 aa  107  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  23.95 
 
 
564 aa  106  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25.6 
 
 
498 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  26.12 
 
 
564 aa  104  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  23.5 
 
 
649 aa  103  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  30.74 
 
 
426 aa  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  23.5 
 
 
556 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  27.38 
 
 
582 aa  100  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  29.03 
 
 
657 aa  99.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  28.24 
 
 
381 aa  97.8  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  29.69 
 
 
588 aa  97.4  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  23.02 
 
 
386 aa  94.7  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  30.58 
 
 
651 aa  93.2  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  25.83 
 
 
531 aa  93.2  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  29.13 
 
 
499 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  24.51 
 
 
430 aa  89  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  27.52 
 
 
472 aa  88.2  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  38.46 
 
 
559 aa  87.8  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  25.82 
 
 
602 aa  87.8  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  25.27 
 
 
439 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  23.3 
 
 
651 aa  81.3  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  26.4 
 
 
565 aa  81.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  26.22 
 
 
692 aa  81.3  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  24.91 
 
 
456 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  26.99 
 
 
473 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  28.79 
 
 
490 aa  75.1  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  26.55 
 
 
452 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  26.55 
 
 
412 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  27.69 
 
 
458 aa  73.6  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  25.51 
 
 
529 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  25.81 
 
 
348 aa  72  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  25.98 
 
 
515 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  22.12 
 
 
692 aa  70.1  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  24.91 
 
 
720 aa  70.1  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  24.64 
 
 
560 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  27.37 
 
 
549 aa  68.2  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  25.29 
 
 
599 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  28.21 
 
 
482 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  23.81 
 
 
424 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  24.12 
 
 
584 aa  65.5  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  26.25 
 
 
404 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  26.55 
 
 
527 aa  65.9  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  25.21 
 
 
529 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  30.73 
 
 
602 aa  63.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  26.67 
 
 
509 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  28.35 
 
 
538 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  27.06 
 
 
687 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  26.9 
 
 
508 aa  61.6  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  26.9 
 
 
508 aa  61.6  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  31.71 
 
 
392 aa  60.8  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  26.42 
 
 
450 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  27.74 
 
 
619 aa  59.3  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  23.64 
 
 
479 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1429  integrase family protein  22.72 
 
 
578 aa  58.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  25.81 
 
 
563 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  24.44 
 
 
567 aa  55.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  26.11 
 
 
587 aa  54.7  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  28.05 
 
 
319 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  23.61 
 
 
402 aa  53.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  27.09 
 
 
285 aa  53.5  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  25.84 
 
 
431 aa  52  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3028  hypothetical protein  38.96 
 
 
208 aa  52  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.325591  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.69 
 
 
288 aa  52  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  26.99 
 
 
441 aa  52  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  22.92 
 
 
310 aa  50.4  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  28.57 
 
 
455 aa  48.5  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3029  hypothetical protein  34.07 
 
 
146 aa  48.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.355709  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  25 
 
 
321 aa  48.5  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.733894 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>