81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1029 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  100 
 
 		 657 aa  1363    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  46.74 
 
 		 549 aa  462  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  33.42 
 
 		 720 aa  195  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  25.58 
 
 		 692 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  33.05 
 
 		 649 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  32.64 
 
 		 556 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  29.03 
 
 		 588 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  29.32 
 
 		 588 aa  97.4  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  31.13 
 
 		 646 aa  95.1  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  24.28 
 
 		 602 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  25.76 
 
 		 436 aa  88.2  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  28.24 
 
 		 426 aa  87.4  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  25.35 
 
 		 434 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  27.64 
 
 		 605 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  24.38 
 
 		 651 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  29.65 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  26.61 
 
 		 566 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  31.74 
 
 		 538 aa  80.9  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  27.08 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  27.49 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.55 
 
 		 509 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  34.29 
 
 		 401 aa  74.7  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  30.37 
 
 		 565 aa  74.7  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  30.57 
 
 		 560 aa  70.5  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  23.64 
 
 		 472 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.7 
 
 		 441 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  25.35 
 
 		 582 aa  69.3  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  27.84 
 
 		 687 aa  69.7  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  23.58 
 
 		 499 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  28.82 
 
 		 548 aa  68.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  26.59 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  27.98 
 
 		 550 aa  67.4  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  21.92 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  21.47 
 
 		 593 aa  66.6  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  31.45 
 
 		 441 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  24.93 
 
 		 581 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  24.68 
 
 		 662 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  25.75 
 
 		 566 aa  65.5  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  23.24 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.49 
 
 		 564 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.67 
 
 		 618 aa  63.9  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  21.29 
 
 		 616 aa  63.2  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  28.68 
 
 		 533 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  28.92 
 
 		 589 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  26.82 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  30.11 
 
 		 515 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  28.57 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  39.08 
 
 		 687 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.4 
 
 		 540 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  25.09 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  20.96 
 
 		 529 aa  57.4  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  30.16 
 
 		 529 aa  57.4  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  26.63 
 
 		 559 aa  55.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  26.87 
 
 		 498 aa  56.2  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  22.01 
 
 		 381 aa  55.1  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  28.49 
 
 		 529 aa  54.7  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 		 358 aa  54.3  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  25.99 
 
 		 535 aa  53.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  31.33 
 
 		 414 aa  52  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  29.53 
 
 		 337 aa  51.6  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  29.53 
 
 		 331 aa  51.6  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  29.53 
 
 		 331 aa  51.6  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  27.39 
 
 		 508 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  27.39 
 
 		 508 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  25.14 
 
 		 456 aa  51.2  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  23.26 
 
 		 348 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3077  integrase family protein  27.61 
 
 		 242 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.486947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  26.34 
 
 		 538 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  21.88 
 
 		 602 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  33.33 
 
 		 599 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  25.56 
 
 		 567 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  24.68 
 
 		 564 aa  49.3  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  28.08 
 
 		 619 aa  48.9  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  23.41 
 
 		 400 aa  47  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  28.17 
 
 		 402 aa  46.2  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  29.89 
 
 		 602 aa  46.6  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  40.3 
 
 		 587 aa  46.2  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  27.44 
 
 		 440 aa  45.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  24.66 
 
 		 438 aa  45.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2582  integrase  26.25 
 
 		 349 aa  44.3  0.008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000812443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  27.84 
 
 		 635 aa  43.9  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>