28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3428 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  100 
 
 		 440 aa  905    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  34.99 
 
 		 422 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  35.7 
 
 		 422 aa  226  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  35.82 
 
 		 422 aa  223  7e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6823  integrase family protein  35.82 
 
 		 358 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0192  integrase family protein  32.45 
 
 		 461 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  30.66 
 
 		 438 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  32.86 
 
 		 430 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  31.82 
 
 		 454 aa  190  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  28.57 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  25.05 
 
 		 459 aa  84  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  23.48 
 
 		 458 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  28.66 
 
 		 490 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  26.7 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  26.4 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  22.86 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  22.62 
 
 		 354 aa  53.9  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  24.66 
 
 		 392 aa  53.1  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  22.15 
 
 		 426 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.96 
 
 		 339 aa  50.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  26.57 
 
 		 566 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.72 
 
 		 339 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  18.7 
 
 		 472 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  31.13 
 
 		 479 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  27.44 
 
 		 657 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  24.47 
 
 		 297 aa  45.1  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.47 
 
 		 297 aa  45.1  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  23.46 
 
 		 509 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>