87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0348 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  100 
 
 		 635 aa  1288    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  33.75 
 
 		 548 aa  234  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  25.23 
 
 		 566 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  25.74 
 
 		 605 aa  123  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  27.65 
 
 		 588 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  28.09 
 
 		 550 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  29.55 
 
 		 509 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  24.23 
 
 		 687 aa  104  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.09 
 
 		 662 aa  103  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  27.65 
 
 		 568 aa  102  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  27.51 
 
 		 401 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  26.22 
 
 		 564 aa  99.8  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  23.21 
 
 		 566 aa  99  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  28.74 
 
 		 386 aa  98.6  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  24.58 
 
 		 515 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  26.92 
 
 		 616 aa  94  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  28.32 
 
 		 441 aa  94  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  26.11 
 
 		 436 aa  91.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  23.48 
 
 		 533 aa  90.9  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.88 
 
 		 441 aa  90.9  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  26.7 
 
 		 388 aa  90.5  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  25.85 
 
 		 618 aa  87.8  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  26.86 
 
 		 499 aa  87.4  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  25.95 
 
 		 589 aa  87.4  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  25.9 
 
 		 593 aa  86.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.39 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  24.16 
 
 		 529 aa  84.7  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  24.32 
 
 		 563 aa  84  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  26.37 
 
 		 564 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 582 aa  80.9  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.25 
 
 		 560 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.59 
 
 		 386 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  21.78 
 
 		 581 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  28.57 
 
 		 540 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  24.07 
 
 		 602 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  21.88 
 
 		 646 aa  74.7  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  24.09 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  21.07 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  23.48 
 
 		 651 aa  70.9  0.00000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  23.82 
 
 		 651 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.89 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  30.48 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.89 
 
 		 452 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  23.93 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  24.8 
 
 		 567 aa  68.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  25.16 
 
 		 602 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  24.07 
 
 		 565 aa  67.4  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  26.27 
 
 		 509 aa  67  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  24.41 
 
 		 535 aa  65.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  23.51 
 
 		 538 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  20.51 
 
 		 692 aa  65.1  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  21.29 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  24.73 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  26.78 
 
 		 527 aa  62.8  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  22 
 
 		 538 aa  62.4  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  27.84 
 
 		 602 aa  62  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  27.66 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  24.32 
 
 		 458 aa  60.8  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  22.95 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  22.78 
 
 		 559 aa  57  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  22.31 
 
 		 529 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  22.15 
 
 		 649 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  22.15 
 
 		 556 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 430 aa  55.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  25.63 
 
 		 422 aa  55.1  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  23.53 
 
 		 424 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  25 
 
 		 439 aa  54.3  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  22.31 
 
 		 529 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  21.83 
 
 		 456 aa  51.2  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  24.62 
 
 		 402 aa  51.2  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  24.38 
 
 		 587 aa  50.8  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0565  phage integrase family protein  24.71 
 
 		 459 aa  50.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  22.97 
 
 		 687 aa  49.3  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  24.9 
 
 		 329 aa  49.7  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  26.18 
 
 		 422 aa  49.3  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  24.63 
 
 		 588 aa  48.5  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  24.61 
 
 		 310 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  21.12 
 
 		 558 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  23.88 
 
 		 531 aa  47.8  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02901  hypothetical protein  23.53 
 
 		 354 aa  47.4  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.338381 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  22.22 
 
 		 508 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  22.22 
 
 		 508 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  24.75 
 
 		 422 aa  46.2  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.27 
 
 		 302 aa  45.4  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0789  phage integrase family protein  26.92 
 
 		 444 aa  45.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6841  integrase family protein  22.69 
 
 		 492 aa  44.3  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  27.84 
 
 		 657 aa  43.9  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>