111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0674 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  100 
 
 
386 aa  799    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  33.05 
 
 
566 aa  171  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  29.37 
 
 
687 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  33.33 
 
 
441 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  37.25 
 
 
401 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.73 
 
 
588 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  30.55 
 
 
538 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.16 
 
 
605 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.95 
 
 
509 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  28.39 
 
 
588 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  29.67 
 
 
564 aa  127  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  29.56 
 
 
388 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  30.89 
 
 
550 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  31.7 
 
 
434 aa  119  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  27.98 
 
 
618 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  28.02 
 
 
581 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  26.7 
 
 
616 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  29.17 
 
 
436 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  35.24 
 
 
441 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  27.49 
 
 
646 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  28.9 
 
 
430 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  28.78 
 
 
662 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  28.68 
 
 
533 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  32.16 
 
 
472 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.03 
 
 
564 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  27.54 
 
 
593 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  28.03 
 
 
602 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  26.81 
 
 
563 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  28.07 
 
 
568 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  28.34 
 
 
566 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  26.32 
 
 
426 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  31.53 
 
 
456 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  25.59 
 
 
529 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.7 
 
 
412 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  30.74 
 
 
439 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.7 
 
 
452 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  28.74 
 
 
635 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  32.94 
 
 
540 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  27.38 
 
 
559 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  27.35 
 
 
556 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  27.35 
 
 
649 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  29.6 
 
 
651 aa  93.6  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  29.5 
 
 
560 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  26.38 
 
 
499 aa  90.5  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  27.49 
 
 
599 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  33.15 
 
 
565 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  23.87 
 
 
381 aa  87.4  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  27.13 
 
 
515 aa  87  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  24.77 
 
 
529 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  28.7 
 
 
589 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  27.99 
 
 
509 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  24.28 
 
 
430 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  24.78 
 
 
529 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  31.72 
 
 
527 aa  79.7  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  22.91 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  25.26 
 
 
535 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  28.05 
 
 
424 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  30.06 
 
 
548 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  24.53 
 
 
582 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  29.44 
 
 
587 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  31.52 
 
 
470 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25.93 
 
 
498 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  26.91 
 
 
563 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  32 
 
 
602 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  26.53 
 
 
538 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  30.21 
 
 
602 aa  67.4  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  31.98 
 
 
619 aa  67  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  26.82 
 
 
450 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  26.88 
 
 
490 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  23.24 
 
 
657 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  27.06 
 
 
348 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  25.56 
 
 
567 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  27.13 
 
 
358 aa  64.7  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  27.01 
 
 
720 aa  63.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  26.95 
 
 
404 aa  60.5  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  22.89 
 
 
692 aa  60.1  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  29.1 
 
 
687 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  25.85 
 
 
584 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  27.32 
 
 
692 aa  58.5  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  27.17 
 
 
651 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  30.73 
 
 
482 aa  57  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  25.21 
 
 
473 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  29.82 
 
 
454 aa  56.2  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  24.69 
 
 
558 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  25.46 
 
 
458 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  28.81 
 
 
422 aa  54.3  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  29.2 
 
 
337 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  29.2 
 
 
331 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  29.2 
 
 
331 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  23.28 
 
 
400 aa  51.2  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3029  hypothetical protein  30.3 
 
 
146 aa  50.8  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.355709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  24.08 
 
 
459 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  24.93 
 
 
367 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  34.68 
 
 
438 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  27.16 
 
 
402 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  27.68 
 
 
441 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  23.79 
 
 
531 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  25.77 
 
 
430 aa  47.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  24.02 
 
 
508 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  24.02 
 
 
508 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0692889 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>