156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1486 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  100 
 
 
515 aa  1042    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  36.26 
 
 
529 aa  294  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  34.88 
 
 
529 aa  279  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  32.83 
 
 
509 aa  238  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  31.28 
 
 
538 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  36.24 
 
 
599 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  29.62 
 
 
584 aa  197  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  29.69 
 
 
558 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  30.53 
 
 
563 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  34.97 
 
 
424 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  29.05 
 
 
567 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  34.29 
 
 
560 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  26.88 
 
 
566 aa  155  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  27.48 
 
 
566 aa  149  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  31.55 
 
 
441 aa  130  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  31.14 
 
 
456 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  26.69 
 
 
533 aa  128  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  31.3 
 
 
564 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  30.67 
 
 
310 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  26.57 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  24.06 
 
 
563 aa  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  35.12 
 
 
412 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  35.12 
 
 
452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  28.8 
 
 
538 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  29.43 
 
 
401 aa  110  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  27.62 
 
 
441 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  28.87 
 
 
439 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  26.06 
 
 
687 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  32.6 
 
 
441 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.58 
 
 
635 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  30.5 
 
 
436 aa  93.6  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  24.32 
 
 
605 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  26.42 
 
 
434 aa  89.4  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.13 
 
 
386 aa  86.7  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  25.35 
 
 
381 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  30.12 
 
 
602 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  29.07 
 
 
535 aa  84  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  22.74 
 
 
386 aa  84  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  33.52 
 
 
565 aa  82.8  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  26.43 
 
 
400 aa  82.8  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  29.82 
 
 
556 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  29.82 
 
 
649 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  29.2 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  25.77 
 
 
472 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  29.63 
 
 
498 aa  79.7  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  25.7 
 
 
430 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  28.08 
 
 
559 aa  78.2  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  32.3 
 
 
589 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  28 
 
 
509 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  32.47 
 
 
602 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  24.37 
 
 
564 aa  75.5  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.43 
 
 
618 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  30.74 
 
 
550 aa  74.7  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  28.51 
 
 
388 aa  74.3  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  23.53 
 
 
548 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1229  hypothetical protein  26.67 
 
 
406 aa  71.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.505856  normal  0.279847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  21.94 
 
 
430 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  28.71 
 
 
529 aa  72  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  35.86 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  35.86 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  35.86 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  25.98 
 
 
588 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  28.83 
 
 
662 aa  68.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  30.94 
 
 
588 aa  67.8  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  26.69 
 
 
490 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  34.88 
 
 
540 aa  67.4  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  22.05 
 
 
499 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  22.19 
 
 
646 aa  66.6  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524.1  hypothetical protein  25 
 
 
308 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.547452  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  27.59 
 
 
619 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  21.29 
 
 
568 aa  65.5  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  24.79 
 
 
508 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  24.79 
 
 
508 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  25.25 
 
 
358 aa  64.3  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  28.33 
 
 
616 aa  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  30.72 
 
 
587 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  24.75 
 
 
287 aa  62  0.00000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  29.89 
 
 
602 aa  62  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  29.28 
 
 
720 aa  60.5  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1378  integrase family protein  26.52 
 
 
416 aa  60.5  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.545263  hitchhiker  0.00000000645491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  27.54 
 
 
582 aa  60.5  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  30.11 
 
 
657 aa  60.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  27.02 
 
 
687 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  27.53 
 
 
531 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  26.12 
 
 
473 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 
292 aa  58.2  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  23.92 
 
 
458 aa  57.4  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  31.03 
 
 
651 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  27.63 
 
 
288 aa  56.6  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  23.63 
 
 
322 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  27.91 
 
 
480 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  22.92 
 
 
651 aa  55.5  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  25.5 
 
 
304 aa  55.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  21.62 
 
 
310 aa  55.5  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  29.15 
 
 
392 aa  54.3  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.3 
 
 
285 aa  54.3  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  25 
 
 
459 aa  53.9  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  26.44 
 
 
482 aa  53.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.64 
 
 
300 aa  52.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  27.85 
 
 
455 aa  52.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>