84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3313 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  100 
 
 		 430 aa  865    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  55.9 
 
 		 422 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  53.74 
 
 		 422 aa  438  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  55.29 
 
 		 422 aa  428  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0192  integrase family protein  35.79 
 
 		 461 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  36.32 
 
 		 454 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6823  integrase family protein  37.46 
 
 		 358 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  32.86 
 
 		 440 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3509  putative phage integrase family protein  58.02 
 
 		 190 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  27.33 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1842  putative phage integrase family protein  50.89 
 
 		 113 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  26.73 
 
 		 458 aa  88.6  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  27.89 
 
 		 473 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  27.72 
 
 		 566 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  26.19 
 
 		 490 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  25.68 
 
 		 568 aa  68.2  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  33.57 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  27.21 
 
 		 401 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  29.35 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  23.02 
 
 		 297 aa  59.3  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2073  integrase family protein  24.52 
 
 		 451 aa  59.3  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.087873  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.89 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  28.16 
 
 		 635 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  25 
 
 		 392 aa  53.1  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.76 
 
 		 605 aa  53.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  26.37 
 
 		 441 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0524  integrase family protein  22.07 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  23.36 
 
 		 308 aa  49.7  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  23.35 
 
 		 499 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  32.87 
 
 		 646 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.78 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.78 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  24.5 
 
 		 295 aa  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  25.77 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  26.59 
 
 		 405 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 582 aa  47.8  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  24.18 
 
 		 303 aa  47.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  26.81 
 
 		 302 aa  47.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  31.28 
 
 		 323 aa  47.4  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.44 
 
 		 294 aa  47.4  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  24.48 
 
 		 346 aa  47  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.1 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.75 
 
 		 299 aa  46.6  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  24.13 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  24.14 
 
 		 317 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  24.7 
 
 		 301 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  25.48 
 
 		 297 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  25.98 
 
 		 441 aa  46.2  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  25.52 
 
 		 348 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  30.08 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  25.18 
 
 		 310 aa  46.2  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  27.38 
 
 		 274 aa  46.2  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.42 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  23.74 
 
 		 307 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  22.61 
 
 		 378 aa  45.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25.58 
 
 		 295 aa  45.1  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  22.58 
 
 		 388 aa  45.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  24.65 
 
 		 452 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  25 
 
 		 412 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  23.89 
 
 		 317 aa  45.1  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  29.79 
 
 		 310 aa  45.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 308 aa  44.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  23.98 
 
 		 354 aa  45.1  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 482 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.39 
 
 		 294 aa  45.1  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  24.7 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 296 aa  44.7  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  22.63 
 
 		 599 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.81 
 
 		 298 aa  43.9  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 302 aa  43.5  0.007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.02 
 
 		 302 aa  43.5  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  23.82 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.72 
 
 		 297 aa  43.1  0.008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  22.34 
 
 		 295 aa  43.1  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  25.12 
 
 		 293 aa  43.1  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  23.99 
 
 		 321 aa  43.1  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  26.06 
 
 		 564 aa  43.1  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>