176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4249 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  100 
 
 		 587 aa  1225    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  41.64 
 
 		 619 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3682  hypothetical protein  31.21 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.97 
 
 		 441 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  26.98 
 
 		 602 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  23.57 
 
 		 616 aa  93.6  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  25.44 
 
 		 508 aa  90.5  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  25.44 
 
 		 508 aa  90.5  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  36.48 
 
 		 646 aa  88.6  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  25.66 
 
 		 388 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  34.95 
 
 		 556 aa  84  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  32.34 
 
 		 434 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  36.88 
 
 		 529 aa  82.4  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  29.95 
 
 		 436 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  34.62 
 
 		 649 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  24.22 
 
 		 568 aa  81.3  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  24.52 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  27.16 
 
 		 559 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  29.86 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  34.01 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  25.29 
 
 		 430 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  25.44 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  26.81 
 
 		 509 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  23.99 
 
 		 565 aa  77.4  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  29.61 
 
 		 687 aa  77  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  29.44 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  25.67 
 
 		 566 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  30.54 
 
 		 566 aa  74.7  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  34.51 
 
 		 441 aa  74.3  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  31.1 
 
 		 651 aa  73.6  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  25 
 
 		 560 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.79 
 
 		 618 aa  72.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  26.91 
 
 		 605 aa  70.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  23.42 
 
 		 550 aa  70.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.95 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.95 
 
 		 452 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3933  integrase family protein  28.32 
 
 		 344 aa  69.3  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00343242  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  26.4 
 
 		 386 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  31.61 
 
 		 529 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  31.52 
 
 		 533 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  28.74 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  30.73 
 
 		 499 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  27.59 
 
 		 538 aa  68.2  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  25.39 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  31.52 
 
 		 529 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  26.84 
 
 		 515 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  29.56 
 
 		 588 aa  67  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  27.66 
 
 		 538 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  29.44 
 
 		 567 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  25.61 
 
 		 602 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  29.38 
 
 		 564 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  29.24 
 
 		 581 aa  64.3  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  22.43 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  26.8 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  30.72 
 
 		 479 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.96 
 
 		 509 aa  63.9  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  22.41 
 
 		 387 aa  63.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  27.89 
 
 		 593 aa  61.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  24.53 
 
 		 548 aa  61.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  33.58 
 
 		 589 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1386  integrase family protein  28.26 
 
 		 344 aa  60.1  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.114707  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  28.57 
 
 		 535 aa  59.3  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  30.6 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  33.13 
 
 		 651 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.56 
 
 		 662 aa  58.9  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  26.57 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  27.2 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  31.91 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30.28 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.58 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.58 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  27.32 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.38 
 
 		 635 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  27.91 
 
 		 293 aa  56.6  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  25.56 
 
 		 588 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  25.6 
 
 		 391 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  26.26 
 
 		 414 aa  55.8  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  25.64 
 
 		 564 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  27.73 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  23.92 
 
 		 480 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  27.37 
 
 		 430 aa  55.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  24.14 
 
 		 334 aa  54.3  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  26.9 
 
 		 472 aa  53.9  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  26.23 
 
 		 383 aa  53.9  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  26.63 
 
 		 527 aa  53.1  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.45 
 
 		 290 aa  53.5  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  24.87 
 
 		 692 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 376 aa  52.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  26.4 
 
 		 310 aa  52.4  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 300 aa  52.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  26.61 
 
 		 305 aa  52  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  25.58 
 
 		 602 aa  51.2  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  27.54 
 
 		 308 aa  51.2  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2529  integrase family protein  27.18 
 
 		 218 aa  50.8  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.305462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  23.7 
 
 		 294 aa  50.8  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.22 
 
 		 322 aa  50.8  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  23 
 
 		 531 aa  50.8  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  22.33 
 
 		 354 aa  50.4  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  25.79 
 
 		 429 aa  50.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>