104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4889 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  100 
 
 
441 aa  893    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  70.45 
 
 
310 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  37.85 
 
 
538 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  36.2 
 
 
509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  33.63 
 
 
599 aa  169  9e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  30 
 
 
424 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  33.13 
 
 
529 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  32.48 
 
 
563 aa  138  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  31.55 
 
 
515 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  31.66 
 
 
529 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  28.95 
 
 
558 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  29.34 
 
 
567 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  26.79 
 
 
584 aa  103  9e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  30.45 
 
 
560 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  33.2 
 
 
566 aa  96.3  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  27 
 
 
426 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  27.69 
 
 
436 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  24.16 
 
 
566 aa  77  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  32.95 
 
 
564 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  31.38 
 
 
588 aa  75.5  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  29.32 
 
 
602 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  27.57 
 
 
529 aa  72.4  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  31.61 
 
 
401 aa  70.5  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.36 
 
 
687 aa  70.5  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  25.4 
 
 
538 aa  70.1  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  22.19 
 
 
564 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  28.95 
 
 
381 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  31.62 
 
 
618 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  24.13 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  24.51 
 
 
434 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  28.73 
 
 
559 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  31.25 
 
 
602 aa  64.7  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  26.57 
 
 
452 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  26.57 
 
 
412 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  25.91 
 
 
587 aa  62  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  26.99 
 
 
508 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  26.99 
 
 
508 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  30.99 
 
 
581 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  42.86 
 
 
563 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  26.56 
 
 
649 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  26.56 
 
 
556 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  27.47 
 
 
441 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  23.93 
 
 
646 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  22.75 
 
 
430 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  27.14 
 
 
565 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  27.04 
 
 
550 aa  54.3  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  27.27 
 
 
458 aa  53.1  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  28.22 
 
 
593 aa  53.1  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  26.34 
 
 
509 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  24.04 
 
 
535 aa  52.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  27.3 
 
 
588 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  22.63 
 
 
305 aa  51.6  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  26.22 
 
 
619 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25.28 
 
 
498 aa  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  27.32 
 
 
490 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.97 
 
 
662 aa  50.8  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  23.38 
 
 
605 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  25.67 
 
 
687 aa  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  26.37 
 
 
430 aa  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  28.5 
 
 
337 aa  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  27.06 
 
 
568 aa  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  25.93 
 
 
441 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  29.45 
 
 
304 aa  49.7  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  28.65 
 
 
331 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.85 
 
 
339 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  28.65 
 
 
331 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.98 
 
 
306 aa  49.3  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  23.08 
 
 
305 aa  49.7  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.68 
 
 
386 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  27.08 
 
 
456 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  22.11 
 
 
548 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3682  hypothetical protein  39.19 
 
 
486 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  25.63 
 
 
533 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  27.22 
 
 
602 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  31.08 
 
 
499 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5218  integrase family protein  23.03 
 
 
326 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  22.95 
 
 
292 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  27.67 
 
 
414 aa  47.4  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  20.54 
 
 
430 aa  47.4  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  25.63 
 
 
616 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0993  integrase family protein  24.29 
 
 
320 aa  47  0.0007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00576914  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  27.97 
 
 
358 aa  45.8  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0037  integrase-recombinase protein  26.88 
 
 
285 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.491877  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  24.11 
 
 
527 aa  46.2  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  25.4 
 
 
290 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  29.37 
 
 
334 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  28.39 
 
 
251 aa  46.2  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  25.82 
 
 
310 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  24.62 
 
 
720 aa  45.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  22.86 
 
 
308 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.04 
 
 
302 aa  45.1  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  22.22 
 
 
386 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  25.18 
 
 
284 aa  44.7  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  28.44 
 
 
222 aa  43.9  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  29.17 
 
 
335 aa  43.9  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0912  integrase family protein  21.48 
 
 
353 aa  43.9  0.006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 
303 aa  43.5  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  28.21 
 
 
307 aa  43.5  0.007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  29.41 
 
 
473 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  27.81 
 
 
459 aa  43.5  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>