114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4384 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  100 
 
 		 479 aa  982    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  31.64 
 
 		 535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  31.17 
 
 		 498 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  26.73 
 
 		 434 aa  97.4  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  26.57 
 
 		 529 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  29.26 
 
 		 436 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.43 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  21.36 
 
 		 430 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  27.87 
 
 		 568 aa  79  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  32.2 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  28.04 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  26.54 
 
 		 581 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  24.56 
 
 		 566 aa  73.6  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  44.44 
 
 		 455 aa  73.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  28.63 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  26.89 
 
 		 566 aa  70.9  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  23.81 
 
 		 556 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  25.51 
 
 		 616 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  25.08 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  29.61 
 
 		 619 aa  67.4  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  23.49 
 
 		 649 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  24.58 
 
 		 651 aa  67.4  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  31.87 
 
 		 563 aa  67.4  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  23.34 
 
 		 605 aa  67  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  23.31 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  26.75 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  26.38 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  26.36 
 
 		 550 aa  63.5  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  21.93 
 
 		 499 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  25.61 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  27.45 
 
 		 508 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  27.45 
 
 		 508 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  25.65 
 
 		 490 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  24.49 
 
 		 391 aa  59.3  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  29.47 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  26.72 
 
 		 646 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  23.64 
 
 		 588 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  24.81 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  25.61 
 
 		 560 aa  57.4  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.93 
 
 		 509 aa  57  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  27.63 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  22.51 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  29.2 
 
 		 402 aa  55.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  30.72 
 
 		 587 aa  55.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  22.98 
 
 		 391 aa  55.5  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.37 
 
 		 412 aa  55.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.37 
 
 		 452 aa  55.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  25.78 
 
 		 529 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  25.09 
 
 		 529 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  23.66 
 
 		 439 aa  54.7  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  30.12 
 
 		 564 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.96 
 
 		 588 aa  54.3  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  21.81 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  27.81 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  26.86 
 
 		 651 aa  53.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  24.23 
 
 		 602 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  27.36 
 
 		 431 aa  52.4  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  24.07 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  23.86 
 
 		 354 aa  52.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  27 
 
 		 450 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  23.49 
 
 		 404 aa  51.6  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  27.51 
 
 		 459 aa  51.2  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1720  phage integrase family protein  27.75 
 
 		 390 aa  51.2  0.00004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0253216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  23.43 
 
 		 473 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  26.78 
 
 		 515 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  24.16 
 
 		 565 aa  50.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  24.5 
 
 		 308 aa  50.4  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2927  phage integrase family protein  26.24 
 
 		 391 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.229972  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  22.61 
 
 		 392 aa  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  22.74 
 
 		 386 aa  50.4  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 482 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  22.35 
 
 		 428 aa  49.7  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  26.62 
 
 		 347 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  26.62 
 
 		 347 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  21.66 
 
 		 538 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  23.58 
 
 		 438 aa  48.9  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1429  integrase family protein  24.68 
 
 		 578 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  21.65 
 
 		 400 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3710  phage integrase family protein  24.65 
 
 		 305 aa  48.5  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  23.86 
 
 		 356 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  28.93 
 
 		 538 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1706  phage integrase family protein  28.7 
 
 		 390 aa  47.4  0.0005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00461976 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  23.72 
 
 		 359 aa  47.8  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1956  Integrase  23.33 
 
 		 312 aa  47.8  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  26.44 
 
 		 422 aa  47.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  26.19 
 
 		 351 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  30.3 
 
 		 548 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  23.48 
 
 		 356 aa  47  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  22.98 
 
 		 413 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  32.45 
 
 		 422 aa  46.2  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  25 
 
 		 334 aa  46.6  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12771  hypothetical protein  27.14 
 
 		 386 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0568502 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  23.48 
 
 		 356 aa  46.6  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  31.13 
 
 		 440 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.15 
 
 		 662 aa  45.8  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  39.29 
 
 		 331 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  39.29 
 
 		 331 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  27.05 
 
 		 406 aa  45.8  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  25.27 
 
 		 351 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  39.29 
 
 		 337 aa  45.1  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>