36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3682 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3682  hypothetical protein  100 
 
 		 486 aa  1008    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  31.21 
 
 		 587 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  31.05 
 
 		 619 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  33.33 
 
 		 508 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  33.33 
 
 		 508 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  27.83 
 
 		 566 aa  67.4  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  31.82 
 
 		 564 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.81 
 
 		 618 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  30.53 
 
 		 439 aa  57  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  25.21 
 
 		 649 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  25.21 
 
 		 556 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  29.71 
 
 		 509 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  22.84 
 
 		 581 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  23.45 
 
 		 430 aa  51.6  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  24.86 
 
 		 602 aa  50.4  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  21.85 
 
 		 529 aa  49.7  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  37.08 
 
 		 441 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  25.48 
 
 		 401 aa  48.5  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  36 
 
 		 529 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  32.63 
 
 		 563 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  34.21 
 
 		 529 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  24.77 
 
 		 605 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  39.19 
 
 		 441 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  35.14 
 
 		 687 aa  47.4  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  23.87 
 
 		 452 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  23.87 
 
 		 412 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  25.74 
 
 		 692 aa  46.2  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  22.44 
 
 		 388 aa  46.2  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  20.04 
 
 		 602 aa  45.8  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  24.79 
 
 		 558 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  29.87 
 
 		 567 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  38.82 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  34.94 
 
 		 589 aa  44.7  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  21.51 
 
 		 646 aa  44.3  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  20.06 
 
 		 381 aa  43.5  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  36.36 
 
 		 538 aa  43.5  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>