116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2130 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  100 
 
 		 563 aa  1167    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  47.85 
 
 		 581 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  41.38 
 
 		 605 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  27.29 
 
 		 566 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.9 
 
 		 687 aa  156  9e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  26.92 
 
 		 588 aa  154  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  28.78 
 
 		 568 aa  150  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.27 
 
 		 509 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  25.67 
 
 		 564 aa  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  26.63 
 
 		 430 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  28.17 
 
 		 556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  27.89 
 
 		 649 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  26.47 
 
 		 529 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  31.76 
 
 		 436 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  28.8 
 
 		 589 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  27.43 
 
 		 441 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  30.2 
 
 		 434 aa  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  27.08 
 
 		 550 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  27.37 
 
 		 565 aa  120  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  25.78 
 
 		 593 aa  120  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  24.41 
 
 		 602 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  27.07 
 
 		 618 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  25.97 
 
 		 602 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  33.05 
 
 		 401 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  24.87 
 
 		 566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  27.66 
 
 		 646 aa  115  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  24.95 
 
 		 582 aa  114  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  24.06 
 
 		 515 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  24.51 
 
 		 538 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  23.96 
 
 		 616 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  26.05 
 
 		 651 aa  110  7.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  28.57 
 
 		 388 aa  110  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  24.92 
 
 		 588 aa  108  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  26.82 
 
 		 533 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  25.97 
 
 		 564 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.38 
 
 		 540 aa  105  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  29.77 
 
 		 441 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  29.51 
 
 		 426 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  26.88 
 
 		 386 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.81 
 
 		 662 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  23.82 
 
 		 559 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  34.71 
 
 		 412 aa  98.6  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  34.71 
 
 		 452 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  28.45 
 
 		 651 aa  98.2  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  27.66 
 
 		 499 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  23.84 
 
 		 381 aa  88.2  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.32 
 
 		 635 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  35.19 
 
 		 509 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  23.08 
 
 		 599 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  32.16 
 
 		 602 aa  83.6  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  30.29 
 
 		 548 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  23.4 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  26.08 
 
 		 567 aa  80.9  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 720 aa  78.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  26.2 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  26.12 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  27.75 
 
 		 560 aa  74.3  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  30.18 
 
 		 529 aa  73.6  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  30.18 
 
 		 529 aa  73.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  24.57 
 
 		 498 aa  73.2  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  30.63 
 
 		 439 aa  72  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  23.36 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  45.07 
 
 		 538 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.28 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  25.41 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  26.59 
 
 		 657 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  27.54 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  22.63 
 
 		 531 aa  67.8  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  31.87 
 
 		 479 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  32.47 
 
 		 619 aa  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  28.74 
 
 		 587 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  24.18 
 
 		 535 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  25.58 
 
 		 687 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  28.74 
 
 		 692 aa  63.9  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  24.17 
 
 		 584 aa  63.5  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  30.77 
 
 		 563 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  21.1 
 
 		 692 aa  62  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  23.08 
 
 		 482 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  27.91 
 
 		 558 aa  61.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  44.12 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  43.04 
 
 		 441 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  24.64 
 
 		 450 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  28.65 
 
 		 549 aa  51.6  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  24.71 
 
 		 470 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1429  integrase family protein  24.54 
 
 		 578 aa  50.4  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  28.04 
 
 		 337 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  28.04 
 
 		 331 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  28.04 
 
 		 331 aa  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  25.59 
 
 		 480 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3682  hypothetical protein  32.63 
 
 		 486 aa  48.5  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.65 
 
 		 296 aa  48.9  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  23.53 
 
 		 334 aa  48.1  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 298 aa  48.1  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  41.38 
 
 		 455 aa  47.8  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  22.89 
 
 		 508 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  22.89 
 
 		 508 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  30.22 
 
 		 454 aa  47  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.17 
 
 		 296 aa  47  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.95 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.95 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>