260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2470 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  100 
 
 		 564 aa  1162    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  29.06 
 
 		 687 aa  147  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  27.69 
 
 		 605 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  25.67 
 
 		 563 aa  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  29.53 
 
 		 386 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  25.66 
 
 		 566 aa  120  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.2 
 
 		 434 aa  120  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  26.71 
 
 		 582 aa  115  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25.34 
 
 		 581 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  27.37 
 
 		 441 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  27.54 
 
 		 616 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  25.32 
 
 		 599 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  26.91 
 
 		 436 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  25.68 
 
 		 509 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  33.33 
 
 		 439 aa  110  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  30.17 
 
 		 441 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  26.45 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  23.95 
 
 		 588 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  31.7 
 
 		 412 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  31.7 
 
 		 452 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  26.71 
 
 		 529 aa  103  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  28.03 
 
 		 548 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  30.68 
 
 		 456 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  26.22 
 
 		 635 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  22.9 
 
 		 593 aa  97.4  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  27.27 
 
 		 388 aa  97.4  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  25.74 
 
 		 646 aa  95.1  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  25.82 
 
 		 550 aa  93.2  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  28.06 
 
 		 651 aa  93.2  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  23.52 
 
 		 588 aa  91.3  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  26.14 
 
 		 381 aa  90.5  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  30.46 
 
 		 540 aa  89  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  29.63 
 
 		 472 aa  88.6  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  25 
 
 		 568 aa  88.6  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  34.01 
 
 		 565 aa  87.4  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  26.3 
 
 		 556 aa  87  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  27.54 
 
 		 535 aa  87  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  26.3 
 
 		 649 aa  87  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  26.46 
 
 		 430 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  25.48 
 
 		 533 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  27.38 
 
 		 401 aa  85.9  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  25.6 
 
 		 662 aa  84.7  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  26.36 
 
 		 386 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  24.38 
 
 		 498 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  27.55 
 
 		 538 aa  81.6  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  29.28 
 
 		 602 aa  80.5  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  25.22 
 
 		 618 aa  80.5  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  26.51 
 
 		 482 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  23 
 
 		 651 aa  77.4  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  23.43 
 
 		 566 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  24.37 
 
 		 515 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  23.62 
 
 		 529 aa  74.3  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  23.01 
 
 		 509 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  25.37 
 
 		 567 aa  70.5  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  23.53 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  23.85 
 
 		 538 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  33.85 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  27.45 
 
 		 426 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  33.85 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  33.85 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  22.26 
 
 		 560 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  23.5 
 
 		 529 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  26.8 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.69 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  24.59 
 
 		 559 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  24.73 
 
 		 348 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 		 584 aa  62  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  25 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.47 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  24.59 
 
 		 508 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  27.04 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  25.11 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  24.59 
 
 		 508 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  23.77 
 
 		 564 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  28.23 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  26.11 
 
 		 602 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  23.25 
 
 		 563 aa  58.2  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  21.66 
 
 		 589 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  24.8 
 
 		 499 aa  57  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  24.02 
 
 		 531 aa  56.6  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.61 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  26.27 
 
 		 312 aa  56.6  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  37.04 
 
 		 692 aa  55.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  23.23 
 
 		 619 aa  55.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  25.85 
 
 		 312 aa  54.7  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.32 
 
 		 298 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.32 
 
 		 298 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  28.33 
 
 		 302 aa  54.7  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 277 aa  54.3  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.32 
 
 		 298 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  27.59 
 
 		 301 aa  54.3  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 320 aa  53.9  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  27.02 
 
 		 391 aa  53.9  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  25.64 
 
 		 587 aa  53.5  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  26.03 
 
 		 294 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  25.11 
 
 		 291 aa  53.5  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>