204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3302 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  100 
 
 		 535 aa  1105    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  73.35 
 
 		 498 aa  727    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  31.64 
 
 		 479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  27.75 
 
 		 529 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.49 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  30.64 
 
 		 426 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  26.45 
 
 		 430 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  30.63 
 
 		 436 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  30.35 
 
 		 649 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  30.35 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  28.54 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  26.35 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  29.71 
 
 		 509 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  27.87 
 
 		 441 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  26.81 
 
 		 588 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  26.33 
 
 		 388 aa  104  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  28.3 
 
 		 566 aa  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.05 
 
 		 662 aa  103  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  27.36 
 
 		 646 aa  97.8  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  27.17 
 
 		 589 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  26.57 
 
 		 651 aa  93.6  8e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  29.84 
 
 		 538 aa  92.4  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  25.67 
 
 		 605 aa  90.5  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  24.6 
 
 		 651 aa  89.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  27.54 
 
 		 564 aa  87  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.7 
 
 		 618 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  26.67 
 
 		 550 aa  84.3  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25.09 
 
 		 581 aa  84  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  29.07 
 
 		 515 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  26.42 
 
 		 687 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  25.37 
 
 		 602 aa  80.1  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  29.88 
 
 		 566 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  30.97 
 
 		 401 aa  76.6  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  22.86 
 
 		 616 aa  75.1  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  25.51 
 
 		 548 aa  74.7  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  26.49 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.66 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.32 
 
 		 564 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  27.27 
 
 		 540 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  25.61 
 
 		 619 aa  67  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  24.18 
 
 		 563 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.41 
 
 		 635 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  28.18 
 
 		 602 aa  65.1  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  26.65 
 
 		 567 aa  64.7  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  25.86 
 
 		 687 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0001  integrase  24.31 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  27.44 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  25.4 
 
 		 358 aa  63.2  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  26.86 
 
 		 529 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  28.65 
 
 		 430 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  24.2 
 
 		 565 aa  62.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 499 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  26.03 
 
 		 529 aa  62  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4785  integrase family protein  28.69 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000301446  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  23 
 
 		 593 aa  60.8  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  24.31 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  26.57 
 
 		 509 aa  60.5  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  23.8 
 
 		 378 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  28.86 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  28.15 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  27.71 
 
 		 560 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  23.77 
 
 		 559 aa  59.3  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  28.57 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 452 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  25.08 
 
 		 480 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  28.39 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  27.49 
 
 		 431 aa  56.6  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  24.88 
 
 		 456 aa  56.6  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  26.71 
 
 		 490 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  26.62 
 
 		 370 aa  56.2  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  27.02 
 
 		 602 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  28.74 
 
 		 414 aa  55.8  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  26.14 
 
 		 389 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  29.92 
 
 		 584 aa  55.1  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  25.4 
 
 		 310 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1429  integrase family protein  21.71 
 
 		 578 aa  54.7  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  26.55 
 
 		 568 aa  54.3  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  26.83 
 
 		 383 aa  54.7  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  27.82 
 
 		 599 aa  54.3  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  27.53 
 
 		 471 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0915  Tn916, transposase  26.17 
 
 		 405 aa  53.1  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  28.23 
 
 		 325 aa  53.1  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  25.99 
 
 		 657 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  27.78 
 
 		 308 aa  53.5  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  22.78 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  22.78 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  24.46 
 
 		 384 aa  51.6  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  26.99 
 
 		 340 aa  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  27.32 
 
 		 473 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  25.45 
 
 		 284 aa  52  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  26.28 
 
 		 300 aa  51.6  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  23.94 
 
 		 324 aa  51.2  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  23.04 
 
 		 310 aa  50.8  0.00005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  25.4 
 
 		 443 aa  51.2  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.98 
 
 		 305 aa  51.2  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  28.85 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0604  integrase family protein  26.64 
 
 		 404 aa  51.2  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 720 aa  50.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  24.18 
 
 		 293 aa  51.2  0.00005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>