62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1223 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  100 
 
 		 402 aa  821    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  32.27 
 
 		 470 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  34.48 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4097  integrase family protein  25.6 
 
 		 464 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  31.82 
 
 		 456 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  27.95 
 
 		 471 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  28.9 
 
 		 602 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  34.35 
 
 		 422 aa  69.7  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  24.4 
 
 		 480 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  22.87 
 
 		 651 aa  64.3  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 568 aa  60.5  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  27.88 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  23.92 
 
 		 529 aa  59.3  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  27.94 
 
 		 450 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  26.42 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  25.59 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  23.42 
 
 		 434 aa  54.7  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  23.68 
 
 		 531 aa  53.9  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  23.61 
 
 		 588 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  31.82 
 
 		 550 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  26.86 
 
 		 401 aa  53.1  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  22.83 
 
 		 412 aa  52.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  21.15 
 
 		 651 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  27.85 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  26.79 
 
 		 369 aa  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.91 
 
 		 618 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.62 
 
 		 635 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  25.09 
 
 		 452 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.16 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  21.88 
 
 		 441 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  25.09 
 
 		 412 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  22.41 
 
 		 566 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  30.77 
 
 		 646 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  26.84 
 
 		 439 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  26.57 
 
 		 454 aa  47.8  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  24.23 
 
 		 414 aa  47.4  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  29.53 
 
 		 337 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  20.96 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  28.57 
 
 		 657 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  25.22 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  22.19 
 
 		 566 aa  45.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  26.27 
 
 		 538 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  24.14 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  26.71 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  28.09 
 
 		 379 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  26.38 
 
 		 422 aa  43.9  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.4 
 
 		 376 aa  44.3  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  21.8 
 
 		 406 aa  44.3  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.4 
 
 		 376 aa  44.3  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  28.09 
 
 		 379 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  22.69 
 
 		 436 aa  43.9  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  24.89 
 
 		 413 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3096  tyrosine recombinase XerD subunit  33.33 
 
 		 311 aa  43.5  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00033868  normal  0.385268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1451  integrase family protein  26.18 
 
 		 371 aa  43.5  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  21.39 
 
 		 605 aa  43.5  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  21.35 
 
 		 649 aa  43.1  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  25.51 
 
 		 334 aa  43.1  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.75 
 
 		 560 aa  42.7  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  23.04 
 
 		 367 aa  43.1  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  26.81 
 
 		 564 aa  42.7  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  24.4 
 
 		 422 aa  42.7  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>