96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1030 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  100 
 
 		 424 aa  858    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  45.23 
 
 		 509 aa  263  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  43.67 
 
 		 558 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  39.25 
 
 		 599 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  38.31 
 
 		 538 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  34.97 
 
 		 515 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  35.28 
 
 		 529 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  35.05 
 
 		 529 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  36.27 
 
 		 584 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  30 
 
 		 441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  30.55 
 
 		 563 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  29.97 
 
 		 566 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  32.01 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  31.38 
 
 		 567 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  29.91 
 
 		 560 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  28.3 
 
 		 566 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  24.53 
 
 		 687 aa  96.7  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  26.55 
 
 		 441 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.74 
 
 		 564 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  28.17 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  30.58 
 
 		 602 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  27.08 
 
 		 412 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  27.08 
 
 		 452 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  23.74 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  23.87 
 
 		 436 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 538 aa  76.6  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  22.98 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  28.05 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  21.09 
 
 		 430 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  27.54 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  23.06 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  31 
 
 		 550 aa  67  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  23.81 
 
 		 588 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  23.61 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  22.77 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  27.89 
 
 		 605 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  25.63 
 
 		 559 aa  63.5  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  30.32 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  24.05 
 
 		 556 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  23.35 
 
 		 533 aa  63.2  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  29.36 
 
 		 441 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  24.05 
 
 		 649 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  22.22 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  29.3 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  22 
 
 		 529 aa  60.1  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  27.06 
 
 		 581 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  27.21 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  27.21 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  25.38 
 
 		 646 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  27.21 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 582 aa  57.4  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.48 
 
 		 618 aa  56.6  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  24.8 
 
 		 548 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.68 
 
 		 588 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  26.38 
 
 		 358 aa  55.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  23.53 
 
 		 635 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  24.84 
 
 		 473 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  22.67 
 
 		 392 aa  52.4  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  24.9 
 
 		 568 aa  53.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  25.63 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  26.11 
 
 		 616 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  27.66 
 
 		 602 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  23.01 
 
 		 651 aa  51.2  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  26.91 
 
 		 415 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  25.84 
 
 		 426 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  25.84 
 
 		 431 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  27.98 
 
 		 720 aa  50.8  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  25.84 
 
 		 398 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  28.28 
 
 		 365 aa  49.3  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  22.5 
 
 		 564 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  26.14 
 
 		 490 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  25.63 
 
 		 365 aa  48.9  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  23.55 
 
 		 499 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  24.18 
 
 		 527 aa  48.9  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  23.85 
 
 		 386 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  23.74 
 
 		 400 aa  47.8  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  26.63 
 
 		 602 aa  47.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  24.85 
 
 		 662 aa  47.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  27.66 
 
 		 414 aa  47  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  24.56 
 
 		 468 aa  47  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  27.5 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  26.55 
 
 		 692 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  24.68 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  27.5 
 
 		 593 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1132  phage integrase family site specific recombinase  28.1 
 
 		 352 aa  46.6  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  23.89 
 
 		 458 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  24.33 
 
 		 343 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  26.95 
 
 		 414 aa  45.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524.1  hypothetical protein  32.32 
 
 		 308 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.547452  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  24.49 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0436  hypothetical protein  38.46 
 
 		 99 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  25.97 
 
 		 424 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  24.65 
 
 		 296 aa  43.9  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  26.86 
 
 		 451 aa  43.5  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  24 
 
 		 343 aa  43.5  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1229  hypothetical protein  22.3 
 
 		 406 aa  43.1  0.01  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.505856  normal  0.279847 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>