116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2561 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  100 
 
 		 458 aa  932    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  50 
 
 		 473 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  41.48 
 
 		 459 aa  329  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  35.88 
 
 		 490 aa  249  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  31.15 
 
 		 392 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  28.06 
 
 		 438 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  30.23 
 
 		 414 aa  93.6  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  26.14 
 
 		 454 aa  93.2  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  26.87 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  25.52 
 
 		 422 aa  85.9  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6823  integrase family protein  26.6 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0192  integrase family protein  23.55 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  25.45 
 
 		 422 aa  82.8  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  23.48 
 
 		 440 aa  80.9  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.56 
 
 		 687 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  23.02 
 
 		 566 aa  77  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  24 
 
 		 482 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  27.69 
 
 		 588 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  27.27 
 
 		 566 aa  73.6  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  24.91 
 
 		 426 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  30.17 
 
 		 550 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.44 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  27.68 
 
 		 567 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  24.94 
 
 		 568 aa  62  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  26.74 
 
 		 509 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  24.32 
 
 		 635 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  26.1 
 
 		 538 aa  60.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  28.02 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  24.83 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  22.22 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  33.15 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  25.35 
 
 		 452 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  25.78 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  23.92 
 
 		 515 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  21.99 
 
 		 456 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  25.46 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  25.22 
 
 		 371 aa  54.7  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  27.37 
 
 		 337 aa  54.3  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  22.86 
 
 		 378 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  27.37 
 
 		 331 aa  53.9  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  27.37 
 
 		 331 aa  53.9  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  25.6 
 
 		 347 aa  53.5  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  25.83 
 
 		 334 aa  53.5  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  24.78 
 
 		 441 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2770  integrase family protein  24.06 
 
 		 434 aa  53.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00484712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  25.55 
 
 		 529 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.11 
 
 		 302 aa  52.4  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  23.76 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  24.23 
 
 		 434 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  25.11 
 
 		 296 aa  51.2  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0915  Tn916, transposase  23.36 
 
 		 405 aa  51.2  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.63 
 
 		 302 aa  50.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  24.82 
 
 		 529 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  27.52 
 
 		 616 aa  50.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  24.76 
 
 		 564 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  22.3 
 
 		 509 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  21.66 
 
 		 529 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5552  integrase family protein  24.24 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  22.65 
 
 		 533 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  23.18 
 
 		 406 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  24.14 
 
 		 605 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  24.46 
 
 		 336 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  24.73 
 
 		 368 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  23.71 
 
 		 401 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  23.4 
 
 		 499 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  21.47 
 
 		 430 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000646207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  21.47 
 
 		 430 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  23.05 
 
 		 436 aa  48.5  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2927  phage integrase family protein  25 
 
 		 391 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.229972  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  26.03 
 
 		 437 aa  47.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  22.61 
 
 		 369 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  24.32 
 
 		 564 aa  47.8  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  29.75 
 
 		 431 aa  47.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  22.61 
 
 		 369 aa  47.8  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  24.2 
 
 		 391 aa  47.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  24.64 
 
 		 298 aa  47.4  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  26.59 
 
 		 430 aa  47.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  26.59 
 
 		 446 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  33.9 
 
 		 329 aa  47.4  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.93 
 
 		 390 aa  47  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  24.71 
 
 		 454 aa  47  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  28.79 
 
 		 308 aa  47  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  22.66 
 
 		 582 aa  47  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  23.9 
 
 		 313 aa  46.6  0.0009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.09 
 
 		 441 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  29.63 
 
 		 277 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0597  integrase family protein  27.45 
 
 		 447 aa  46.6  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  23.6 
 
 		 341 aa  46.6  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  27.01 
 
 		 394 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  24.9 
 
 		 308 aa  45.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  23.63 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  24.89 
 
 		 304 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.03 
 
 		 588 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  22.51 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  26.16 
 
 		 535 aa  45.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  21 
 
 		 560 aa  45.8  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  23.89 
 
 		 424 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  25.23 
 
 		 387 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  26.19 
 
 		 446 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>