77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3658 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  100 
 
 		 470 aa  964    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  38.56 
 
 		 456 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  37.04 
 
 		 471 aa  236  8e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4097  integrase family protein  37.18 
 
 		 464 aa  232  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  32.1 
 
 		 480 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  27.51 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  31.25 
 
 		 450 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  33.2 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  32.27 
 
 		 402 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  34.29 
 
 		 602 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  31.52 
 
 		 386 aa  71.2  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  26.59 
 
 		 430 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  25 
 
 		 605 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2538  integrase family protein  22.07 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  32.92 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  21.85 
 
 		 439 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.01 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  31.55 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  27.14 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  25.47 
 
 		 568 aa  58.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  29.95 
 
 		 651 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  27.24 
 
 		 490 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0613  integrase family protein  29.24 
 
 		 313 aa  55.8  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  26.19 
 
 		 456 aa  53.9  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  31.33 
 
 		 616 aa  53.1  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  25.35 
 
 		 293 aa  52.8  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  26.41 
 
 		 388 aa  53.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  24.68 
 
 		 431 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  23.16 
 
 		 305 aa  51.2  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  30.56 
 
 		 588 aa  50.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  24.71 
 
 		 563 aa  50.8  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  24.06 
 
 		 282 aa  49.7  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  29.55 
 
 		 529 aa  50.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  25.41 
 
 		 361 aa  49.7  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25 
 
 		 581 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  27.78 
 
 		 646 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  22.61 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  30.82 
 
 		 441 aa  48.5  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  23.41 
 
 		 391 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1386  integrase family protein  26.18 
 
 		 344 aa  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.114707  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  28.12 
 
 		 436 aa  47.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  25.1 
 
 		 307 aa  47.4  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  25.41 
 
 		 515 aa  47  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  23.43 
 
 		 533 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1283  phage integrase family protein  23.62 
 
 		 304 aa  47.4  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000135681  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  21.89 
 
 		 338 aa  47  0.0007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  26.42 
 
 		 412 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  24.61 
 
 		 452 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  23.11 
 
 		 290 aa  46.6  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  25.67 
 
 		 529 aa  46.6  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  23.61 
 
 		 400 aa  46.2  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4353  integrase family protein  24.57 
 
 		 470 aa  46.6  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.130136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  25.88 
 
 		 412 aa  46.2  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  24.37 
 
 		 299 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3933  integrase family protein  24.88 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00343242  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  24.79 
 
 		 564 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  23.81 
 
 		 302 aa  45.8  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.77 
 
 		 295 aa  45.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  22.22 
 
 		 307 aa  45.8  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12664  integrase  26.79 
 
 		 332 aa  45.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000304658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  27.88 
 
 		 550 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2492  integrase family protein  23.28 
 
 		 332 aa  45.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.947006 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  21.09 
 
 		 319 aa  45.1  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  22.41 
 
 		 283 aa  45.1  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  25.41 
 
 		 305 aa  45.1  0.003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0865  integrase family protein  23.57 
 
 		 353 aa  45.1  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 		 301 aa  45.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  28.05 
 
 		 401 aa  44.3  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  25 
 
 		 393 aa  44.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  29.41 
 
 		 419 aa  44.3  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3916  integrase family protein  23.84 
 
 		 295 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254607  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2269  phage integrase family protein  25.2 
 
 		 372 aa  43.9  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0691132  hitchhiker  0.00139304 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  29.41 
 
 		 419 aa  43.9  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  25.16 
 
 		 332 aa  43.5  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  23.42 
 
 		 566 aa  43.5  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  22.01 
 
 		 692 aa  43.1  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>