52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4097 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4097  integrase family protein  100 
 
 		 464 aa  948    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  75.38 
 
 		 456 aa  667    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  58.42 
 
 		 471 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  48.49 
 
 		 480 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  37.04 
 
 		 470 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  26.54 
 
 		 450 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  23.68 
 
 		 422 aa  89.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  30.91 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  25.6 
 
 		 402 aa  82.8  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  25.17 
 
 		 529 aa  77  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  29.41 
 
 		 616 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  27.38 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  26.1 
 
 		 651 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  26.69 
 
 		 550 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  25.97 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  31.28 
 
 		 646 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  27.86 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  26.95 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  23.73 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  24.9 
 
 		 426 aa  57  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  32.58 
 
 		 581 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  25.48 
 
 		 602 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  24.1 
 
 		 441 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  27.59 
 
 		 431 aa  53.9  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  24.63 
 
 		 531 aa  53.1  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  25.29 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  23.33 
 
 		 538 aa  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  25.1 
 
 		 372 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 413 aa  50.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1386  integrase family protein  23.6 
 
 		 344 aa  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.114707  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2770  integrase family protein  25 
 
 		 434 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00484712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25.91 
 
 		 498 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  25.17 
 
 		 285 aa  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  23.08 
 
 		 593 aa  47.4  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  26.42 
 
 		 535 aa  47  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  26.42 
 
 		 439 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  26.32 
 
 		 290 aa  47  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  26.88 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  26 
 
 		 397 aa  46.6  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  23.67 
 
 		 605 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  26.8 
 
 		 253 aa  44.7  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  23.26 
 
 		 430 aa  45.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  23.72 
 
 		 290 aa  44.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  23.68 
 
 		 433 aa  44.7  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  25.22 
 
 		 565 aa  44.3  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  23.79 
 
 		 319 aa  44.3  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  29.01 
 
 		 339 aa  43.9  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 296 aa  43.5  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 304 aa  43.5  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  23.67 
 
 		 306 aa  43.5  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  21.14 
 
 		 305 aa  43.1  0.01  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0945  phage integrase family protein  25.71 
 
 		 211 aa  43.1  0.01  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.237394  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>