80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0926 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0926  Phage integrase  100 
 
 		 450 aa  922    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  30.64 
 
 		 456 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  31.47 
 
 		 470 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2498  Phage integrase  28.27 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4097  integrase family protein  26.54 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  27.97 
 
 		 480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5437  integrase family protein  27.37 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  27.41 
 
 		 431 aa  101  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  24.42 
 
 		 404 aa  92  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  26.87 
 
 		 602 aa  87  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  29.41 
 
 		 616 aa  76.3  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  24.92 
 
 		 436 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  25.42 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  27.48 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  24.68 
 
 		 566 aa  67.4  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  26.82 
 
 		 386 aa  67  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  24.63 
 
 		 529 aa  63.5  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  25.59 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  25.59 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  25.47 
 
 		 531 aa  61.6  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  26.46 
 
 		 439 aa  59.7  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  26.07 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  23.43 
 
 		 560 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  26.42 
 
 		 588 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  27.94 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  25.81 
 
 		 651 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  23.79 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  25.42 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  26.32 
 
 		 430 aa  55.8  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  24.44 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 568 aa  55.1  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  25.09 
 
 		 283 aa  55.1  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  30.29 
 
 		 441 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  28.93 
 
 		 456 aa  53.9  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  28.12 
 
 		 309 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  24.64 
 
 		 563 aa  52.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  27 
 
 		 479 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  27.22 
 
 		 430 aa  51.6  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  27.27 
 
 		 581 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  24.11 
 
 		 618 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  28.86 
 
 		 646 aa  50.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  28.34 
 
 		 310 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  31.79 
 
 		 223 aa  50.4  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 451 aa  49.7  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0865  integrase family protein  23.4 
 
 		 353 aa  49.7  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  29.77 
 
 		 381 aa  49.7  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.25 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  27.17 
 
 		 406 aa  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  22.34 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  29.37 
 
 		 401 aa  47.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  22.85 
 
 		 593 aa  47  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  24.11 
 
 		 550 aa  47.4  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  27.68 
 
 		 477 aa  46.6  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  28.08 
 
 		 337 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1202  integrase family protein  27.45 
 
 		 346 aa  46.6  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  30.12 
 
 		 306 aa  46.6  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  28.08 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  28.08 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  22.91 
 
 		 605 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  25.44 
 
 		 297 aa  45.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 499 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 		 292 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.54 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.54 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.54 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  25 
 
 		 380 aa  45.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.64 
 
 		 302 aa  44.3  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4138  integrase family protein  25.1 
 
 		 403 aa  44.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.551003  hitchhiker  0.000000726175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  23.05 
 
 		 662 aa  44.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  26.64 
 
 		 687 aa  44.3  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  23.83 
 
 		 527 aa  43.9  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  22.36 
 
 		 566 aa  44.3  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  28.4 
 
 		 548 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  25.41 
 
 		 649 aa  43.9  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  30.22 
 
 		 398 aa  43.5  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1914  integrative genetic element Gsu32, integrase, putative  26.14 
 
 		 433 aa  43.5  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  25.41 
 
 		 556 aa  43.5  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  25.28 
 
 		 301 aa  43.1  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0912  integrase family protein  25 
 
 		 353 aa  43.1  0.01  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>