121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4959 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  100 
 
 		 490 aa  1000    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  38.24 
 
 		 473 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  35.88 
 
 		 458 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  36.88 
 
 		 459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  35.56 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  34.53 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6823  integrase family protein  30.97 
 
 		 358 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  29.48 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  24.95 
 
 		 454 aa  87.4  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0192  integrase family protein  26.18 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  27.14 
 
 		 568 aa  78.2  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  24.3 
 
 		 566 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  28.66 
 
 		 440 aa  76.6  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  24.78 
 
 		 564 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  28.79 
 
 		 588 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  26.19 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  31.16 
 
 		 422 aa  73.2  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  24.23 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  35.63 
 
 		 567 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  25.07 
 
 		 509 aa  70.1  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  27.91 
 
 		 538 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  23.97 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  26.69 
 
 		 515 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  29.21 
 
 		 422 aa  67.4  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.42 
 
 		 386 aa  67  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  30.2 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  28.8 
 
 		 550 aa  64.7  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  23.13 
 
 		 452 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.27 
 
 		 560 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  23.13 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  22.19 
 
 		 687 aa  63.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  29.21 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  29.52 
 
 		 593 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  24.08 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  25.65 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.32 
 
 		 618 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  33.72 
 
 		 588 aa  60.1  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  24.1 
 
 		 529 aa  58.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  26.01 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  23.71 
 
 		 337 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  23.71 
 
 		 331 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  23.71 
 
 		 331 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  26.95 
 
 		 436 aa  57  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  26.71 
 
 		 535 aa  56.6  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  27.24 
 
 		 470 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  24 
 
 		 498 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  24.41 
 
 		 566 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  25.35 
 
 		 529 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  29.44 
 
 		 540 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  27.11 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  23.49 
 
 		 472 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  25.16 
 
 		 533 aa  53.9  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.86 
 
 		 294 aa  53.9  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  28.57 
 
 		 556 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  33.66 
 
 		 329 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  29.02 
 
 		 388 aa  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  29.44 
 
 		 527 aa  51.6  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  23.94 
 
 		 386 aa  51.6  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  23.94 
 
 		 529 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  23.4 
 
 		 441 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  27.32 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  29.93 
 
 		 649 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.56 
 
 		 288 aa  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  22.89 
 
 		 426 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  26.57 
 
 		 441 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2395  integrase family protein  25.16 
 
 		 456 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.74 
 
 		 285 aa  49.7  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  26.42 
 
 		 400 aa  48.9  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  26.14 
 
 		 424 aa  48.5  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524.1  hypothetical protein  24.6 
 
 		 308 aa  48.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.547452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  23.79 
 
 		 341 aa  47.8  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  29.58 
 
 		 340 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  26.98 
 
 		 407 aa  47.8  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.12 
 
 		 302 aa  47.8  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2825  integrase domain protein SAM domain protein  22.77 
 
 		 269 aa  47  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 		 319 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 		 319 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 		 319 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 297 aa  46.2  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2582  integrase  30.77 
 
 		 349 aa  46.2  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000812443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  26.75 
 
 		 324 aa  46.6  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.89 
 
 		 379 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  24.26 
 
 		 334 aa  46.2  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.72 
 
 		 347 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  24.77 
 
 		 558 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2737  phage integrase-like SAM-like  32 
 
 		 300 aa  45.8  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.751865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  26.29 
 
 		 302 aa  45.8  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  25.75 
 
 		 306 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  24.43 
 
 		 363 aa  45.8  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  31.09 
 
 		 428 aa  45.8  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>