63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3553 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3553  phage integrase  100 
 
 		 392 aa  812    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.631113  normal  0.139012 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  31.15 
 
 		 458 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4535  integrase family protein  30.39 
 
 		 473 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  35.56 
 
 		 490 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0788  Phage integrase  31.83 
 
 		 459 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  30.16 
 
 		 414 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1310  hypothetical protein  23.81 
 
 		 438 aa  97.1  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  27.9 
 
 		 566 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1902  phage integrase  26.13 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183596  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3428  phage integrase protein  25 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2329  phage integrase family protein  24.55 
 
 		 454 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0957732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  31.71 
 
 		 588 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0192  integrase family protein  21.69 
 
 		 461 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6823  integrase family protein  25.08 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  23.15 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1223  phage integrase family protein  26.58 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  25.34 
 
 		 566 aa  60.1  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  28.98 
 
 		 515 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  23.45 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 568 aa  58.9  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  28.76 
 
 		 550 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  23.6 
 
 		 479 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  24.01 
 
 		 482 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  20.34 
 
 		 430 aa  53.9  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  25.93 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  23.79 
 
 		 430 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000646207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  23.79 
 
 		 430 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  27.71 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0912  phage integrase  26.62 
 
 		 1150 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.745248  normal  0.743177 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 538 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.62 
 
 		 588 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3521  phage integrase  25.68 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222857 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  27.38 
 
 		 564 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1997  phage integrase  25.08 
 
 		 422 aa  50.8  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.559264  normal  0.395324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.32 
 
 		 509 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2126  integrase family protein  23.83 
 
 		 395 aa  50.4  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.706316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  20.54 
 
 		 430 aa  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  21.84 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  28.49 
 
 		 589 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0730  hypothetical protein  25.71 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2146  phage integrase family protein  22.88 
 
 		 663 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  25.38 
 
 		 567 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  19.96 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  23.99 
 
 		 602 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  22.85 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  23.58 
 
 		 441 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0597  integrase family protein  26.62 
 
 		 447 aa  47.8  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  28.66 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  21.76 
 
 		 472 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  22.68 
 
 		 452 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  22.68 
 
 		 412 aa  46.6  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3313  phage integrase family protein  24.37 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5642  Phage integrase  25 
 
 		 403 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  27.91 
 
 		 400 aa  45.1  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0883  integrase family protein  21.8 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  23.32 
 
 		 404 aa  44.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  21.91 
 
 		 340 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  22.85 
 
 		 441 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  21.74 
 
 		 635 aa  43.9  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  22.38 
 
 		 527 aa  43.5  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 384 aa  43.5  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  22.03 
 
 		 529 aa  43.1  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.64 
 
 		 687 aa  42.7  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>