More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1127 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1127  phage integrase  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  38.06 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  30.9 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  31.49 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  29.12 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  31.1 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  29.07 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1820  phage integrase family protein  29.86 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.111306  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  29.79 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.02 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  33.02 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.56 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1885  phage integrase-like SAM-like  35.79 
 
 		 190 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.618174  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  27.93 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3916  integrase family protein  31.83 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254607  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.69 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0037  integrase-recombinase protein  28.62 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.491877  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  26.37 
 
 		 314 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  31.91 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  27.67 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  30.51 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  28.77 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.9 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  28.17 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.41 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  30.73 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.4 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  24.19 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  28 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  27.69 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.88 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  28.09 
 
 		 295 aa  99.4  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  25.95 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.43 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  25.6 
 
 		 364 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1846  integrase family protein  27.38 
 
 		 370 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000018136  normal  0.604263 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.57 
 
 		 284 aa  97.4  3e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  26.48 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.99 
 
 		 296 aa  96.7  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  24.57 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.91 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  26.42 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  28 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 320 aa  95.9  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.18 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 303 aa  94.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 303 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  28.83 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.59 
 
 		 330 aa  94.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  29.49 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  26.76 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  27.47 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  25.64 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  24.83 
 
 		 300 aa  94  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  29.11 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  28.24 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.73 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  24.91 
 
 		 400 aa  93.6  4e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  28.68 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  28.25 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  30.45 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.66 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  26.85 
 
 		 309 aa  92.8  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.36 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  28.95 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.72 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.89 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.72 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.36 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  25.25 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  29.68 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  24.74 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  25.44 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  25.44 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>