More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0173 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  60.49 
 
 		 698 aa  859    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  100 
 
 		 698 aa  1428    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  49.59 
 
 		 735 aa  684    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  59.73 
 
 		 735 aa  891    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  47.89 
 
 		 680 aa  632  1e-180  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  46.21 
 
 		 689 aa  622  1e-177  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  27.34 
 
 		 666 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  26.54 
 
 		 680 aa  173  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  27.16 
 
 		 659 aa  157  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  25.64 
 
 		 674 aa  146  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  26.15 
 
 		 671 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  26.5 
 
 		 617 aa  144  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  27.49 
 
 		 635 aa  136  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  26.1 
 
 		 676 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  24.28 
 
 		 671 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  24.12 
 
 		 671 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  27.4 
 
 		 676 aa  125  3e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  30.38 
 
 		 602 aa  123  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  26.45 
 
 		 674 aa  121  3e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  30.68 
 
 		 644 aa  120  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  29.78 
 
 		 685 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  30.27 
 
 		 657 aa  119  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  30.67 
 
 		 644 aa  118  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  28.67 
 
 		 644 aa  117  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  25.08 
 
 		 670 aa  117  6e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  24.17 
 
 		 622 aa  117  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  27.66 
 
 		 702 aa  117  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  29.64 
 
 		 861 aa  115  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  29.82 
 
 		 815 aa  115  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  31.38 
 
 		 646 aa  115  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  26.29 
 
 		 619 aa  114  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  29.56 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  29.46 
 
 		 644 aa  114  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  29.49 
 
 		 639 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  27.74 
 
 		 686 aa  114  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  28.29 
 
 		 637 aa  114  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  29.46 
 
 		 644 aa  114  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  27.61 
 
 		 656 aa  112  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  26.96 
 
 		 822 aa  112  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  26.74 
 
 		 857 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  30.06 
 
 		 644 aa  112  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.75 
 
 		 907 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  26.37 
 
 		 857 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  24.25 
 
 		 686 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  25.67 
 
 		 683 aa  111  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  27.09 
 
 		 858 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  28.73 
 
 		 817 aa  111  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  26.57 
 
 		 819 aa  110  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  29.23 
 
 		 637 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  31.38 
 
 		 644 aa  110  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  31.38 
 
 		 644 aa  110  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  26.9 
 
 		 826 aa  109  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  31.08 
 
 		 644 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  28.4 
 
 		 876 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  30.43 
 
 		 937 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  28.44 
 
 		 906 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  31.08 
 
 		 644 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  28.31 
 
 		 644 aa  108  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  28.19 
 
 		 645 aa  108  3e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  28.93 
 
 		 683 aa  108  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.12 
 
 		 805 aa  108  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  27.27 
 
 		 829 aa  107  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  27.92 
 
 		 819 aa  107  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.88 
 
 		 828 aa  107  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  26.78 
 
 		 833 aa  107  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  28.69 
 
 		 695 aa  106  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  27.61 
 
 		 695 aa  106  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.91 
 
 		 807 aa  106  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  30.77 
 
 		 644 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  27.15 
 
 		 763 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.62 
 
 		 857 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  28.62 
 
 		 857 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  27.96 
 
 		 877 aa  106  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.96 
 
 		 877 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  29.63 
 
 		 646 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  27.84 
 
 		 810 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  26.26 
 
 		 828 aa  105  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  27.78 
 
 		 834 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  28.22 
 
 		 643 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  27.14 
 
 		 830 aa  105  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  27.62 
 
 		 807 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  27.62 
 
 		 807 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  28.95 
 
 		 1055 aa  104  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  27.62 
 
 		 807 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  28.48 
 
 		 859 aa  104  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  28.92 
 
 		 857 aa  104  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  26.97 
 
 		 714 aa  104  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  29.48 
 
 		 817 aa  104  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  29.48 
 
 		 817 aa  104  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  26.57 
 
 		 736 aa  103  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.4 
 
 		 813 aa  103  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  29.45 
 
 		 617 aa  103  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  28.74 
 
 		 801 aa  103  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  26.4 
 
 		 813 aa  103  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  25.86 
 
 		 844 aa  103  9e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>