More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0197 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  83.29 
 
 
411 aa  664    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  85.83 
 
 
410 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
397 aa  810    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  64.79 
 
 
379 aa  491  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  63.84 
 
 
388 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  63.89 
 
 
382 aa  478  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  61.17 
 
 
386 aa  477  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.95 
 
 
388 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  61.38 
 
 
382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  62.33 
 
 
382 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  62.33 
 
 
382 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  60.64 
 
 
386 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  60.96 
 
 
385 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  60.7 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  60.96 
 
 
385 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  60.96 
 
 
385 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  59.73 
 
 
383 aa  461  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  61.06 
 
 
383 aa  463  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.16 
 
 
385 aa  461  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  59.84 
 
 
385 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  61.28 
 
 
385 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  61.28 
 
 
382 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.11 
 
 
386 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.1 
 
 
473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.1 
 
 
473 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  57.74 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.1 
 
 
473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.1 
 
 
473 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.1 
 
 
473 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  60.11 
 
 
382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.52 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.05 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.52 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  56.84 
 
 
379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  61.1 
 
 
385 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  60.56 
 
 
387 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  59.72 
 
 
387 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  58.43 
 
 
381 aa  425  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  57.87 
 
 
382 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  52.62 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.96 
 
 
389 aa  395  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
390 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.23 
 
 
389 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.96 
 
 
389 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  55.77 
 
 
385 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  50.56 
 
 
382 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.98 
 
 
389 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.13 
 
 
382 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  50.7 
 
 
389 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.14 
 
 
395 aa  364  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  52.02 
 
 
397 aa  352  5.9999999999999994e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  52.23 
 
 
397 aa  346  4e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  47.18 
 
 
379 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  42.44 
 
 
383 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.92 
 
 
385 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  41.91 
 
 
383 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  46.74 
 
 
381 aa  318  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  47.65 
 
 
385 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  45.48 
 
 
381 aa  316  4e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 
385 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  42.13 
 
 
377 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  44.9 
 
 
381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.09 
 
 
385 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.34 
 
 
391 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.34 
 
 
394 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.34 
 
 
394 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
379 aa  310  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  43.32 
 
 
377 aa  309  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  41.76 
 
 
380 aa  305  7e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 
377 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 
377 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.78 
 
 
381 aa  296  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  41 
 
 
377 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  39.73 
 
 
385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  43.08 
 
 
387 aa  286  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
388 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  43.53 
 
 
384 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  40.88 
 
 
388 aa  273  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  39.47 
 
 
385 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  39.78 
 
 
379 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.35 
 
 
385 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.27 
 
 
381 aa  266  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  39.6 
 
 
381 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  39.36 
 
 
384 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  38.52 
 
 
378 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  37.22 
 
 
392 aa  224  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
394 aa  219  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 
399 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 
393 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 
394 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 
379 aa  199  9e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 
379 aa  193  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 
379 aa  193  5e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  35.25 
 
 
381 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  34.26 
 
 
393 aa  192  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.24 
 
 
378 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
381 aa  190  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
379 aa  189  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 
382 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>