More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1531 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1531  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  280  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.351664  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0401  hypothetical protein  48.78 
 
 		 296 aa  120  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  46.76 
 
 		 295 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 464 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 411 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  42.74 
 
 		 495 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 381 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  42.15 
 
 		 577 aa  107  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  42.15 
 
 		 571 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  45.53 
 
 		 388 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  44 
 
 		 308 aa  106  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.44 
 
 		 320 aa  106  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 550 aa  106  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 		 580 aa  106  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 753 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 355 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 312 aa  105  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 543 aa  105  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 544 aa  105  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 436 aa  104  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  45.16 
 
 		 448 aa  103  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  46.09 
 
 		 462 aa  103  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 569 aa  103  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 457 aa  103  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 917 aa  103  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 461 aa  102  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 459 aa  103  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 563 aa  102  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 581 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 563 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 		 348 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.46 
 
 		 415 aa  102  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 		 348 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.28 
 
 		 405 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  39.68 
 
 		 542 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.98 
 
 		 425 aa  101  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.98 
 
 		 418 aa  101  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.08 
 
 		 326 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.8 
 
 		 345 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 680 aa  101  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  39.68 
 
 		 542 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  42.4 
 
 		 536 aa  101  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 571 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 487 aa  101  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 467 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 554 aa  101  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 473 aa  101  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 460 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 360 aa  100  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 325 aa  100  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 342 aa  100  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 314 aa  100  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44 
 
 		 797 aa  100  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 390 aa  100  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.15 
 
 		 689 aa  100  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.52 
 
 		 313 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 485 aa  99.8  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.09 
 
 		 413 aa  99.8  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 466 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 331 aa  99.4  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 461 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 532 aa  99.8  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 398 aa  99.8  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 365 aa  100  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 256 aa  99.8  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 301 aa  99.4  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 715 aa  99.4  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 388 aa  99.4  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  43.44 
 
 		 381 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 1339 aa  99.8  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 461 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 379 aa  99.4  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 636 aa  98.6  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.37 
 
 		 791 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 517 aa  99.4  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  39.2 
 
 		 337 aa  99  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 388 aa  99.4  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 274 aa  98.6  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 492 aa  99  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 564 aa  99  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 360 aa  98.6  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 345 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  41.73 
 
 		 496 aa  99  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 547 aa  99  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 611 aa  98.2  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 1037 aa  98.2  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 172 aa  98.6  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 304 aa  98.6  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 486 aa  98.6  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 343 aa  98.6  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 575 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 353 aa  98.2  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.55 
 
 		 671 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 354 aa  98.2  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  41.94 
 
 		 346 aa  98.2  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  41.8 
 
 		 422 aa  97.8  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.59 
 
 		 565 aa  97.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  41.6 
 
 		 547 aa  98.2  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 499 aa  98.2  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>