279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_0048 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  64.19 
 
 
482 aa  643  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  92.5 
 
 
519 aa  989  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
520 aa  1063  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  74.37 
 
 
528 aa  743  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  68.76 
 
 
513 aa  721  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  57.69 
 
 
513 aa  598  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  55.21 
 
 
500 aa  572  1e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  55.21 
 
 
500 aa  572  1e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  55.83 
 
 
493 aa  572  1e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  54.06 
 
 
543 aa  558  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  53.73 
 
 
546 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  54.05 
 
 
545 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  55.47 
 
 
546 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  54.1 
 
 
546 aa  545  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.86 
 
 
516 aa  538  1e-152  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  53.42 
 
 
553 aa  540  1e-152  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.66 
 
 
520 aa  535  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.95 
 
 
526 aa  535  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  53 
 
 
548 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.93 
 
 
524 aa  517  1e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.57 
 
 
512 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  53.5 
 
 
500 aa  511  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.51 
 
 
518 aa  505  1e-142  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.27 
 
 
511 aa  507  1e-142  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.45 
 
 
511 aa  501  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  53.45 
 
 
511 aa  500  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.26 
 
 
515 aa  493  1e-138  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  50.76 
 
 
504 aa  482  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.17 
 
 
503 aa  464  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  48.38 
 
 
507 aa  453  1e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  49.04 
 
 
502 aa  447  1e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  48.44 
 
 
484 aa  432  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  47.28 
 
 
498 aa  412  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  44.91 
 
 
490 aa  394  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  51.13 
 
 
458 aa  347  3e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40.49 
 
 
511 aa  337  2e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.66 
 
 
510 aa  336  6e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.31 
 
 
466 aa  326  6e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.57 
 
 
482 aa  314  2e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
477 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
477 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
477 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
477 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
477 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.33 
 
 
493 aa  309  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 
477 aa  306  6e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.7 
 
 
480 aa  306  6e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.22 
 
 
477 aa  303  4e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.82 
 
 
505 aa  302  8e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  39 
 
 
477 aa  302  9e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.03 
 
 
477 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 
497 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 
497 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.24 
 
 
497 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.05 
 
 
478 aa  300  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.04 
 
 
497 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.07 
 
 
497 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.56 
 
 
497 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.99 
 
 
505 aa  298  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.86 
 
 
508 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  296  5e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  35.69 
 
 
497 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  36.26 
 
 
489 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.38 
 
 
511 aa  295  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
477 aa  293  7e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.64 
 
 
502 aa  292  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 
477 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  34.95 
 
 
507 aa  289  7e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.43 
 
 
497 aa  289  8e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 
477 aa  289  8e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.17 
 
 
497 aa  285  1e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.12 
 
 
508 aa  282  9e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  35.56 
 
 
503 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36.7 
 
 
487 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 
498 aa  281  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 
498 aa  281  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  35.97 
 
 
513 aa  281  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  35.58 
 
 
491 aa  280  5e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.76 
 
 
456 aa  280  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  38.03 
 
 
501 aa  279  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  37.28 
 
 
505 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  35 
 
 
503 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  35.27 
 
 
503 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.65 
 
 
489 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  35.78 
 
 
513 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  37.69 
 
 
501 aa  277  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  35.78 
 
 
513 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  35.93 
 
 
493 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.19 
 
 
493 aa  277  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.74 
 
 
497 aa  277  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.11 
 
 
474 aa  276  5e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>