More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4478 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 211 aa  427  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  54.59 
 
 		 210 aa  208  6e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 207 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 207 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  33.85 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 218 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 216 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 204 aa  99.8  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 202 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 208 aa  99  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.69 
 
 		 213 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 203 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 234 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 210 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 221 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 203 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 203 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 210 aa  92.8  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.99 
 
 		 219 aa  92  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 203 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 202 aa  92  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 208 aa  91.7  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 213 aa  91.3  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 210 aa  91.3  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 204 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 209 aa  89.4  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 207 aa  89.4  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 209 aa  88.2  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 228 aa  88.2  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 218 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  29.41 
 
 		 201 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 195 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 222 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 237 aa  85.9  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 198 aa  85.5  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 212 aa  85.1  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 207 aa  85.1  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 207 aa  81.3  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.63 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.9 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  40.77 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  36.72 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 201 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  35.37 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000899921 
 
 
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NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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