175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2940 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 405 aa  785    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  46.72 
 
 		 407 aa  265  8e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  46.05 
 
 		 434 aa  249  5e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  45.95 
 
 		 398 aa  237  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  40.71 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 526 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 563 aa  88.2  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  33.7 
 
 		 665 aa  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  32.52 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  26.24 
 
 		 407 aa  69.3  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 553 aa  66.6  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  44.55 
 
 		 397 aa  66.2  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  31.92 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  33.47 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.19 
 
 		 558 aa  63.9  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  31.23 
 
 		 400 aa  62.8  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  27.73 
 
 		 619 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  39.62 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  37.5 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  32.89 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  42.57 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  30.42 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 537 aa  60.1  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  27.48 
 
 		 555 aa  60.1  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  24.14 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 564 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  29.18 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 552 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  30.71 
 
 		 647 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  31.25 
 
 		 648 aa  57.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  41.67 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 403 aa  57  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  28.51 
 
 		 505 aa  57  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  27.64 
 
 		 618 aa  56.6  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  38.61 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  36.15 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  28.04 
 
 		 627 aa  56.2  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  35.94 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  27.75 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  37.62 
 
 		 404 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  32.92 
 
 		 562 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 404 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  31.78 
 
 		 518 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  19.01 
 
 		 562 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  34.03 
 
 		 637 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 514 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  32.29 
 
 		 413 aa  54.3  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  37.4 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  37.4 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  37.4 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  26.48 
 
 		 538 aa  53.9  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  21.67 
 
 		 350 aa  53.9  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  32.1 
 
 		 416 aa  53.9  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  28.36 
 
 		 554 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.98 
 
 		 385 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  28.11 
 
 		 525 aa  53.5  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  32.12 
 
 		 417 aa  53.1  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  35.71 
 
 		 428 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  29.06 
 
 		 400 aa  53.1  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  26.62 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  32.04 
 
 		 453 aa  52.8  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  34.75 
 
 		 428 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  26.24 
 
 		 542 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  32.37 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.62 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.21 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.21 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.21 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.21 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.21 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  29.39 
 
 		 429 aa  52.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  36.63 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  17.74 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  30.07 
 
 		 524 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 416 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  29.51 
 
 		 645 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  33.06 
 
 		 414 aa  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  32.59 
 
 		 525 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.8 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  31.16 
 
 		 276 aa  52.4  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.79 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  25.93 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  26.62 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  26.62 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.62 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  32.1 
 
 		 644 aa  51.2  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.79 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  31.39 
 
 		 478 aa  50.8  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.8 
 
 		 385 aa  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 417 aa  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  36 
 
 		 493 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  18.22 
 
 		 399 aa  49.3  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  22.87 
 
 		 411 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  30.43 
 
 		 547 aa  49.3  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>