More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0470 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  100 
 
 		 412 aa  831    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  50.57 
 
 		 396 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 382 aa  149  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 407 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 492 aa  145  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  46.95 
 
 		 548 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 459 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.51 
 
 		 730 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 345 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 		 424 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 610 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.67 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 564 aa  140  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 307 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.44 
 
 		 428 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 316 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 380 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 901 aa  139  8.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.18 
 
 		 949 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 620 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.81 
 
 		 234 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 772 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.32 
 
 		 675 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  39.72 
 
 		 525 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 220 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 646 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.39 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 640 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 582 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 470 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  46.55 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 553 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.07 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 632 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  47.09 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 471 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 446 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 519 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 278 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 301 aa  136  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 555 aa  136  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.2 
 
 		 563 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  44.38 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 499 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 172 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 728 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.37 
 
 		 663 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 574 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 		 565 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.02 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  47.56 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 571 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 1078 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 495 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.11 
 
 		 1073 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  28.05 
 
 		 722 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.11 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.3 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 497 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 422 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 322 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 485 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 569 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 539 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  45.03 
 
 		 568 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 342 aa  133  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 572 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.74 
 
 		 1079 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.43 
 
 		 499 aa  133  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 611 aa  133  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  46.5 
 
 		 472 aa  132  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 531 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 487 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 231 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 661 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 612 aa  132  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 485 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  43.48 
 
 		 451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  38.03 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  47.02 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 686 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.21 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>