142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1253 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1253  hypothetical protein  100 
 
 		 593 aa  1224    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.177752  unclonable  0.0000127054 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02816  TPR domain protein  28.45 
 
 		 604 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.36083  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3142  TPR repeat-containing protein  29.18 
 
 		 504 aa  124  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.228512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1811  TPR repeat-containing protein  32.35 
 
 		 596 aa  112  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.541585  normal  0.135887 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1883  TPR repeat-containing protein  33.51 
 
 		 457 aa  92  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  21.82 
 
 		 597 aa  80.9  0.00000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  22.15 
 
 		 612 aa  78.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  22.81 
 
 		 573 aa  75.1  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16741  hypothetical protein  28.75 
 
 		 467 aa  62.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2678  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 		 480 aa  62.4  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  24.35 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  23.85 
 
 		 1676 aa  61.2  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  25.97 
 
 		 936 aa  60.8  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1429  PDZ/DHR/GLGF domain protein  28.12 
 
 		 668 aa  60.8  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000479067  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  24.66 
 
 		 622 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  24.68 
 
 		 405 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3962  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.99 
 
 		 395 aa  55.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4022  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 628 aa  56.2  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  24.05 
 
 		 399 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  26.24 
 
 		 620 aa  55.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.93 
 
 		 786 aa  55.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1062  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 503 aa  55.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 750 aa  54.7  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.14 
 
 		 557 aa  53.9  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  25.57 
 
 		 739 aa  53.5  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  24.84 
 
 		 267 aa  53.5  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 		 620 aa  53.5  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2907  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.24 
 
 		 471 aa  53.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3467  Flp pilus assembly protein TadD  25 
 
 		 535 aa  53.5  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1782  TPR repeat-containing protein  21.82 
 
 		 467 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0817  hypothetical protein  30.21 
 
 		 467 aa  52.4  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00165108  unclonable  0.0000072103 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  28.93 
 
 		 594 aa  52.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  25.74 
 
 		 1252 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2167  tetratricopeptide TPR_2  23.29 
 
 		 1014 aa  52  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0858  TPR repeat-containing protein  24.51 
 
 		 589 aa  51.6  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  23.3 
 
 		 3301 aa  51.6  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 		 1106 aa  51.2  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1309  TPR repeat-containing protein  21.47 
 
 		 515 aa  51.2  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6246  hypothetical protein  24.7 
 
 		 230 aa  51.6  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.300943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3385  tetratricopeptide  25 
 
 		 811 aa  51.2  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 909 aa  50.4  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1755  Flp pilus assembly protein TadD  29.1 
 
 		 321 aa  50.8  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  25.47 
 
 		 706 aa  50.4  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 		 3145 aa  50.4  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1861  TPR repeat-containing protein  22.97 
 
 		 565 aa  50.4  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.244613  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1683  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 		 942 aa  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.354598 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6629  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.95 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0935269 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  25.17 
 
 		 816 aa  50.4  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  21.74 
 
 		 4079 aa  50.1  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.28 
 
 		 878 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.79 
 
 		 344 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1837  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 		 344 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  20.11 
 
 		 784 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2266  tetratricopeptide TPR_2  25.48 
 
 		 1213 aa  49.3  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.53 
 
 		 689 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  24.11 
 
 		 935 aa  48.9  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1601  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.31 
 
 		 355 aa  48.9  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.799203  unclonable  3.52104e-23 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  25 
 
 		 1252 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3295  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 311 aa  48.5  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.09 
 
 		 632 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0626  tetratricopeptide TPR_2  23 
 
 		 2059 aa  48.9  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762464 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3469  TPR repeat-containing protein  24.19 
 
 		 1161 aa  48.5  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  22.26 
 
 		 795 aa  48.5  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  26.6 
 
 		 676 aa  48.5  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  23.63 
 
 		 808 aa  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81748  mitochondrial outer membrane specialized import receptor  27.1 
 
 		 585 aa  48.1  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.5687 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3191  TPR domain-containing protein  25.85 
 
 		 638 aa  47.8  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  24.01 
 
 		 565 aa  47.8  0.0006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1421 aa  47.8  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3866  TPR repeat protein  27.61 
 
 		 1677 aa  47.8  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  24.03 
 
 		 462 aa  47.4  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 		 351 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3831  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.23 
 
 		 1034 aa  47.4  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0133068 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  24.74 
 
 		 865 aa  47.4  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 		 637 aa  47  0.0009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  24.73 
 
 		 864 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11910  TPR repeat-containing protein  26.87 
 
 		 394 aa  46.6  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000944223  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1449  tetratricopeptide TPR_2  22.87 
 
 		 1067 aa  47  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 828 aa  47  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  24.86 
 
 		 718 aa  46.6  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  27.34 
 
 		 1737 aa  47  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  35.09 
 
 		 505 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  23.44 
 
 		 887 aa  47  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 828 aa  47  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0054  TPR repeat-containing protein  25.65 
 
 		 227 aa  46.6  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 1069 aa  46.6  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0857  TPR repeat-containing protein  28.29 
 
 		 271 aa  46.6  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4265  TPR repeat-containing protein  26.81 
 
 		 697 aa  47  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 		 828 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  23.13 
 
 		 1979 aa  46.2  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  24 
 
 		 615 aa  45.8  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4236  tetratricopeptide TPR_2  22.49 
 
 		 824 aa  45.8  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00381  hypothetical protein  38.46 
 
 		 437 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 		 729 aa  45.8  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 1406 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  29.07 
 
 		 399 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3925  TPR repeat-containing protein  25.47 
 
 		 1180 aa  45.8  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0811  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 139 aa  46.2  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  27.56 
 
 		 621 aa  45.4  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1366  TPR repeat-containing protein  29.66 
 
 		 402 aa  45.4  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.104941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>