24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1883 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1883  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
457 aa  903    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3142  TPR repeat-containing protein  43.53 
 
 
504 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.228512  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1811  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 
596 aa  127  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.541585  normal  0.135887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02816  TPR domain protein  41.67 
 
 
604 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.36083  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
597 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1253  hypothetical protein  33.51 
 
 
593 aa  92.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.177752  unclonable  0.0000127054 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  21.56 
 
 
612 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  41.9 
 
 
573 aa  79  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3467  Flp pilus assembly protein TadD  40 
 
 
535 aa  74.3  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2678  TPR repeat-containing protein  32.07 
 
 
480 aa  68.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0817  hypothetical protein  25.76 
 
 
467 aa  67.8  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00165108  unclonable  0.0000072103 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  34.62 
 
 
936 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  29.46 
 
 
594 aa  64.3  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16741  hypothetical protein  25.93 
 
 
467 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1062  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 
503 aa  55.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3747  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 
1005 aa  47  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3114  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  26.35 
 
 
402 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000358037  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2642  hypothetical protein  30.97 
 
 
214 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  28.21 
 
 
821 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4588  hypothetical protein  29.37 
 
 
199 aa  45.8  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  31.03 
 
 
1979 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4981  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.47 
 
 
384 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2117  hypothetical protein  32.46 
 
 
199 aa  44.3  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0310585  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  24.2 
 
 
739 aa  43.5  0.007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>