More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3719 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  83.25 
 
 		 399 aa  672    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 405 aa  825    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3329  TPR repeat-containing protein  37.8 
 
 		 397 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3352  TPR repeat-containing protein  37.95 
 
 		 404 aa  237  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000220615  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  32.79 
 
 		 820 aa  109  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 		 847 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  32.53 
 
 		 626 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 274 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  31.33 
 
 		 614 aa  93.2  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  31.33 
 
 		 614 aa  93.2  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  31.33 
 
 		 614 aa  93.2  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  31.9 
 
 		 626 aa  92.8  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  31.33 
 
 		 614 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  31.33 
 
 		 626 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  31.16 
 
 		 649 aa  92.8  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.02 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1837  TPR repeat-containing protein  29.02 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  28 
 
 		 1737 aa  90.1  6e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 265 aa  90.1  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  29.78 
 
 		 612 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  29.78 
 
 		 636 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  34.97 
 
 		 614 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.71 
 
 		 810 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.29 
 
 		 685 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.22 
 
 		 818 aa  89  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 		 3145 aa  88.2  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  30.06 
 
 		 615 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.69 
 
 		 784 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  24.06 
 
 		 329 aa  87  5e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 639 aa  87  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.15 
 
 		 2240 aa  87  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.51 
 
 		 265 aa  87  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 265 aa  86.7  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1106  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 605 aa  86.3  8e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000356395  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 637 aa  86.3  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3333  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 274 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34116  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  27.87 
 
 		 620 aa  86.3  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 		 465 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  32.32 
 
 		 878 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.23 
 
 		 988 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.13 
 
 		 1056 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  26.4 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0424  TPR repeat-containing protein  33.74 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.446862  normal  0.0100173 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  29.48 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  29.02 
 
 		 448 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 611 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  28.32 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.49 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1429  PDZ/DHR/GLGF domain protein  31.65 
 
 		 668 aa  82.8  0.000000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000479067  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  25.44 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0912  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 		 748 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.795031  hitchhiker  0.00626987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 635 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 635 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3414  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.96 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.187348  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  30.07 
 
 		 395 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  26.78 
 
 		 620 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.96 
 
 		 689 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  29.78 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  25.52 
 
 		 3301 aa  80.9  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.51 
 
 		 565 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.144865 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 		 729 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 542 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.97 
 
 		 639 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2135  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.94 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.204203  normal  0.945333 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3697  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.14 
 
 		 293 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.984045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  27.75 
 
 		 632 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 3172 aa  79  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1321  TPR repeat-containing protein  33.59 
 
 		 638 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.002861  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  23.87 
 
 		 887 aa  79  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  33.61 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  28.14 
 
 		 681 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  31.29 
 
 		 589 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9475  predicted protein  30.06 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  26.58 
 
 		 816 aa  77  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  26.78 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0915  TPR repeat-containing protein  27.41 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051049 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  26.11 
 
 		 681 aa  77  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_002950  PG0982  TPR domain-containing protein  28.5 
 
 		 750 aa  77  0.0000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.682285 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3005  TPR repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1096 aa  77  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000321187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.95 
 
 		 1022 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 594 aa  77  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0887  Tetratricopeptide domain protein  30.1 
 
 		 1339 aa  76.6  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.102317 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0823  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 		 502 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  26.75 
 
 		 3560 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  26.19 
 
 		 789 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0217  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 		 646 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0232  TPR repeat-containing protein  27.11 
 
 		 649 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 762 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 643 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2201  Tfp pilus assembly protein PilF-like  29.01 
 
 		 542 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2875  TPR repeat-containing protein  27.11 
 
 		 649 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1392  TPR repeat-containing protein  26.4 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 		 2262 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1127  TPR domain-containing protein  30.32 
 
 		 725 aa  75.5  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  25.26 
 
 		 4079 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.81 
 
 		 1056 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  25 
 
 		 676 aa  75.1  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4945  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 750 aa  75.5  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>