More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3741 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
1106 aa  2228    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  93.49 
 
 
1106 aa  2013    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  47.24 
 
 
589 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  46.58 
 
 
589 aa  487  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  45.9 
 
 
585 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  40.16 
 
 
667 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0461  TPR repeat-containing protein  40.87 
 
 
627 aa  407  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.999909  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  36.39 
 
 
968 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  43.3 
 
 
633 aa  394  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  33.68 
 
 
708 aa  374  1e-102  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2809  TPR repeat-containing protein  37.88 
 
 
717 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3037  TPR repeat-containing protein  37.72 
 
 
717 aa  363  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  37.75 
 
 
1714 aa  357  7.999999999999999e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  37.27 
 
 
789 aa  348  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  37.35 
 
 
937 aa  347  8e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  35.99 
 
 
713 aa  346  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  36.41 
 
 
732 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  38.34 
 
 
708 aa  344  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3854  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.15 
 
 
723 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  35.35 
 
 
718 aa  337  7.999999999999999e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2996  TPR repeat-containing protein  37.89 
 
 
626 aa  337  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637966  normal  0.0209641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0863  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 
647 aa  335  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.399235 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  35.92 
 
 
828 aa  333  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  36.64 
 
 
754 aa  330  7e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  30.88 
 
 
909 aa  325  3e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  36.42 
 
 
754 aa  324  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  35.18 
 
 
699 aa  324  5e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  35.73 
 
 
776 aa  324  7e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3099  TPR domain-containing protein  35.73 
 
 
776 aa  324  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  35.73 
 
 
776 aa  324  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  35.55 
 
 
776 aa  323  8e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2876  TPR domain-containing protein  35.73 
 
 
821 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 
750 aa  323  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0094  TPR domain-containing protein  35.55 
 
 
821 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.822931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3955  TPR repeat-containing protein  35.55 
 
 
776 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  37.32 
 
 
790 aa  322  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3835  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.79 
 
 
790 aa  320  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304839  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  35.74 
 
 
824 aa  319  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  34.72 
 
 
828 aa  319  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
828 aa  318  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  37.25 
 
 
595 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.63 
 
 
529 aa  316  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  33.76 
 
 
739 aa  313  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  33.23 
 
 
715 aa  312  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1802  TPR repeat-containing protein  34.57 
 
 
822 aa  308  4.0000000000000004e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.984059  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0148  TPR repeat-containing protein  36.19 
 
 
619 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  33.44 
 
 
833 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3269  TPR repeat-containing protein  35.96 
 
 
693 aa  305  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.306934  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  33.18 
 
 
833 aa  305  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0785  TPR repeat-containing protein  33.39 
 
 
796 aa  302  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.225465  hitchhiker  0.00421983 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0161  TPR repeat-containing protein  35.31 
 
 
598 aa  301  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27710  glycosyl transferase,TPR repeat protein  33.28 
 
 
1221 aa  300  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3065  TPR repeat-containing protein  32.62 
 
 
734 aa  297  9e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0065343  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5617  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  34.24 
 
 
739 aa  296  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.277247 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3210  TPR domain-containing protein  33.92 
 
 
781 aa  296  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5235  hypothetical protein  35.8 
 
 
797 aa  296  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050699  normal  0.568835 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  33.55 
 
 
789 aa  292  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  29.38 
 
 
816 aa  291  6e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  33.08 
 
 
739 aa  290  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0238  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 
780 aa  290  9e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2869  tetratricopeptide TPR_2  34.29 
 
 
780 aa  290  9e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  28.75 
 
 
739 aa  288  2.9999999999999996e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0220  TPR repeat-containing protein  34.01 
 
 
779 aa  288  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.991207  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2520  methyltransferase type 12  33.4 
 
 
1116 aa  287  7e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  33.08 
 
 
742 aa  283  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  36.89 
 
 
667 aa  280  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  34.14 
 
 
700 aa  280  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  30.31 
 
 
1094 aa  278  3e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2569  Methyltransferase type 11  31.64 
 
 
1143 aa  273  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6522  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  33.94 
 
 
740 aa  270  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.722582  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1986  sulfotransferase  31.89 
 
 
1415 aa  269  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.634546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3368  Tetratricopeptide domain protein  34.9 
 
 
596 aa  270  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1582  Methyltransferase type 12  33.2 
 
 
1144 aa  267  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  32.69 
 
 
1085 aa  265  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 
4489 aa  263  1e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0051  TPR repeat-containing protein  39.77 
 
 
633 aa  263  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4399  TPR repeat-containing protein  35.84 
 
 
727 aa  261  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0616  TPR repeat-containing protein  29.78 
 
 
974 aa  253  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  29.35 
 
 
3560 aa  252  3e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  33.94 
 
 
654 aa  251  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  27.54 
 
 
3035 aa  248  4e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2639  tetratricopeptide TPR_2  35.94 
 
 
552 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0605  tetratricopeptide domain-containing protein  31.8 
 
 
553 aa  244  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335277  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 
761 aa  239  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0699  FkbM family methyltransferase  35.68 
 
 
921 aa  236  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.25199 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  32.17 
 
 
750 aa  233  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  31 
 
 
740 aa  227  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3445  TPR repeat-containing protein  35.51 
 
 
353 aa  226  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  23.53 
 
 
632 aa  225  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1874  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.55 
 
 
793 aa  223  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 
611 aa  222  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  30.11 
 
 
616 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  29.97 
 
 
808 aa  221  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  32.35 
 
 
560 aa  221  8.999999999999998e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1162  hypothetical protein  36.24 
 
 
633 aa  217  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0103  TPR repeat-containing protein  31.74 
 
 
733 aa  211  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.467133  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  27.9 
 
 
706 aa  211  8e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  31.99 
 
 
574 aa  209  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0489  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 
618 aa  208  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0261011  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1161  hypothetical protein  36.29 
 
 
637 aa  207  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>