More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2288 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
740 aa  1516    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  40.96 
 
 
3560 aa  567  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  42.6 
 
 
4489 aa  551  1e-155  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  41.09 
 
 
1094 aa  538  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  40.72 
 
 
3035 aa  521  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  36.89 
 
 
732 aa  468  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  38.45 
 
 
1085 aa  432  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 
761 aa  431  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  41.73 
 
 
654 aa  416  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  35.88 
 
 
700 aa  389  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0489  TPR repeat-containing protein  35.42 
 
 
618 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0261011  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  31.11 
 
 
909 aa  357  3.9999999999999996e-97  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  35.63 
 
 
647 aa  354  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  36.73 
 
 
616 aa  351  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  37.25 
 
 
667 aa  347  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0452  TPR repeat-containing protein  44.35 
 
 
569 aa  340  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.384213  normal  0.0840159 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  30.03 
 
 
816 aa  336  9e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0122  TPR repeat-containing protein  31.49 
 
 
660 aa  333  5e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142603  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  28.75 
 
 
750 aa  329  9e-89  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1547  hypothetical protein  48.28 
 
 
459 aa  325  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 
739 aa  323  7e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1891  hypothetical protein  47.27 
 
 
492 aa  323  8e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.591473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  37.82 
 
 
574 aa  322  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7846  hypothetical protein  42.4 
 
 
452 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.346388 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  33.38 
 
 
706 aa  321  3e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  30.94 
 
 
808 aa  320  7e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  38.48 
 
 
560 aa  318  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 
611 aa  311  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20301  hypothetical protein  45.01 
 
 
395 aa  307  4.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.236649 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  32.8 
 
 
750 aa  302  1e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1008  TPR repeat-containing protein  36.86 
 
 
672 aa  296  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1086  hypothetical protein  34.91 
 
 
632 aa  290  7e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1161  hypothetical protein  41.67 
 
 
637 aa  286  8e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143311  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0327  hypothetical protein  43.51 
 
 
657 aa  283  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.322162 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04549  tetratricopeptide repeat domain protein  35 
 
 
568 aa  280  8e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0359  hypothetical protein  41.51 
 
 
657 aa  280  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224796  normal  0.0716049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3091  hypothetical protein  31.96 
 
 
680 aa  272  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.677352  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1319  TPR repeat-containing protein  44.88 
 
 
295 aa  269  1e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000490816  hitchhiker  8.5993e-22 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1088  hypothetical protein  34.09 
 
 
566 aa  262  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.02 
 
 
570 aa  257  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3853  O-linked acetylglucosamine transferase  42.82 
 
 
590 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4069  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 
590 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00017793  normal  0.44147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  28.23 
 
 
739 aa  243  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1160  hypothetical protein  36.55 
 
 
630 aa  242  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795058  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2410  hypothetical protein  38.02 
 
 
624 aa  241  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.361804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1162  hypothetical protein  37.4 
 
 
633 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  29.29 
 
 
713 aa  238  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  27.78 
 
 
715 aa  237  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3065  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
734 aa  236  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0065343  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  26.6 
 
 
632 aa  232  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2579  hypothetical protein  36.71 
 
 
588 aa  232  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385383  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2411  hypothetical protein  37.94 
 
 
582 aa  227  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100681  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.85 
 
 
1106 aa  219  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  30.85 
 
 
1106 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  27.71 
 
 
742 aa  213  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  28.44 
 
 
732 aa  213  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5617  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  28.06 
 
 
739 aa  211  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.277247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 
968 aa  207  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  28.69 
 
 
937 aa  205  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2876  TPR domain-containing protein  27.53 
 
 
821 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3099  TPR domain-containing protein  27.31 
 
 
776 aa  205  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  27.31 
 
 
776 aa  205  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  27.31 
 
 
776 aa  205  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  29.45 
 
 
585 aa  203  9e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3955  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 
776 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 
789 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0094  TPR domain-containing protein  27.27 
 
 
821 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.822931  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0461  TPR repeat-containing protein  30.09 
 
 
627 aa  202  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.999909  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  27.15 
 
 
776 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  25.73 
 
 
699 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
828 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  27.75 
 
 
754 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  27.17 
 
 
708 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 
718 aa  198  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  28.03 
 
 
754 aa  197  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  27.37 
 
 
739 aa  197  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.52 
 
 
529 aa  197  8.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0605  tetratricopeptide domain-containing protein  27.03 
 
 
553 aa  197  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335277  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  25.9 
 
 
828 aa  196  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  29.76 
 
 
633 aa  193  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3037  TPR repeat-containing protein  27.9 
 
 
717 aa  193  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 
828 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 
595 aa  189  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 
833 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2639  tetratricopeptide TPR_2  28.8 
 
 
552 aa  189  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.07 
 
 
667 aa  188  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  27.53 
 
 
1714 aa  187  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 
833 aa  185  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2809  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 
717 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3269  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 
693 aa  182  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.306934  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  28.55 
 
 
789 aa  182  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.62 
 
 
589 aa  181  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.37 
 
 
589 aa  181  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4399  TPR repeat-containing protein  33.16 
 
 
727 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  25.04 
 
 
708 aa  178  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  26.12 
 
 
824 aa  177  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00265  UDP-N-acetylglucosaminyltransferase (AFU_orthologue; AFUA_1G03380)  29.51 
 
 
1596 aa  177  9e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0115382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6522  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  26.94 
 
 
740 aa  177  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.722582  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  26.4 
 
 
790 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0863  TPR repeat-containing protein  24.85 
 
 
647 aa  176  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.399235 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>