More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5023 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  67.19 
 
 		 627 aa  877    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  62.44 
 
 		 626 aa  783    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 631 aa  1281    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  41.41 
 
 		 618 aa  458  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  40.93 
 
 		 618 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  41.32 
 
 		 624 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  40.98 
 
 		 624 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  41.3 
 
 		 624 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  40.79 
 
 		 622 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  42.28 
 
 		 617 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  38.97 
 
 		 635 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  38.79 
 
 		 627 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  39.11 
 
 		 620 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  38.77 
 
 		 630 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  38.64 
 
 		 631 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  41.33 
 
 		 631 aa  405  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  41.03 
 
 		 628 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  40.69 
 
 		 630 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  41.03 
 
 		 633 aa  399  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  37.29 
 
 		 609 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  38.73 
 
 		 617 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  40.4 
 
 		 635 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  40.07 
 
 		 648 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  41.03 
 
 		 633 aa  399  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  39.9 
 
 		 589 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  39.17 
 
 		 589 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  37.32 
 
 		 633 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  39.74 
 
 		 640 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  37.12 
 
 		 619 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  38.51 
 
 		 619 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  38.27 
 
 		 624 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  38.36 
 
 		 625 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 629 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  34.13 
 
 		 617 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  37.38 
 
 		 618 aa  382  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  37.12 
 
 		 626 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  37.99 
 
 		 626 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  39.12 
 
 		 632 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  37.46 
 
 		 643 aa  379  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  39.96 
 
 		 611 aa  375  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  37.18 
 
 		 603 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  38.36 
 
 		 619 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  38.74 
 
 		 633 aa  372  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  36.76 
 
 		 599 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  38.5 
 
 		 671 aa  369  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  38.13 
 
 		 605 aa  351  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  39.78 
 
 		 618 aa  343  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  39.78 
 
 		 618 aa  343  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  32.51 
 
 		 573 aa  299  9e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  39.41 
 
 		 279 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 560 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  23.26 
 
 		 602 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.64 
 
 		 602 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  22.32 
 
 		 679 aa  120  9e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  23.65 
 
 		 590 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.78 
 
 		 601 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.89 
 
 		 587 aa  112  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  22.35 
 
 		 598 aa  109  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  24.04 
 
 		 633 aa  107  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  23.6 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  27.23 
 
 		 567 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 		 604 aa  105  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  23.84 
 
 		 701 aa  104  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  23.51 
 
 		 597 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  28.98 
 
 		 4575 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 		 514 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  23.64 
 
 		 597 aa  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  23.64 
 
 		 597 aa  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  22.84 
 
 		 601 aa  101  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 		 601 aa  100  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 		 601 aa  100  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 		 903 aa  99.8  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  23.9 
 
 		 600 aa  100  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  24.44 
 
 		 598 aa  99.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  24.09 
 
 		 551 aa  100  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  22.15 
 
 		 598 aa  99.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  22.94 
 
 		 551 aa  99.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  23.82 
 
 		 592 aa  99.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  22.65 
 
 		 598 aa  98.6  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  27.44 
 
 		 532 aa  98.6  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 		 601 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 598 aa  98.2  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  23.49 
 
 		 592 aa  97.8  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 		 630 aa  97.4  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  23.63 
 
 		 633 aa  97.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  23.18 
 
 		 555 aa  97.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  23.67 
 
 		 591 aa  96.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  24.29 
 
 		 577 aa  96.3  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  23.52 
 
 		 590 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 		 554 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  22.19 
 
 		 611 aa  95.9  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  26.44 
 
 		 559 aa  95.9  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  27.06 
 
 		 564 aa  95.9  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 		 1549 aa  95.1  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.750359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  22.72 
 
 		 606 aa  95.1  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 		 554 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 		 554 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  23.34 
 
 		 554 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  23.74 
 
 		 568 aa  94.7  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>