More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2479 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 559 aa  1149    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  51.62 
 
 		 555 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 		 563 aa  528  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  47.93 
 
 		 555 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  47.39 
 
 		 555 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  47.39 
 
 		 555 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  47.12 
 
 		 551 aa  491  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  45.73 
 
 		 560 aa  488  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  46.27 
 
 		 553 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  45.9 
 
 		 566 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  45.52 
 
 		 554 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  45.52 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  45.52 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  44.84 
 
 		 555 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  44.67 
 
 		 551 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  44.3 
 
 		 551 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 551 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  45.05 
 
 		 554 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  46.17 
 
 		 575 aa  445  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  44.96 
 
 		 554 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  44.67 
 
 		 554 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  44.67 
 
 		 554 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  44.67 
 
 		 598 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  44.67 
 
 		 598 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  44.85 
 
 		 553 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  44.34 
 
 		 555 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  45.81 
 
 		 546 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  43.45 
 
 		 546 aa  430  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  42.96 
 
 		 559 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  45.34 
 
 		 554 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  43.23 
 
 		 551 aa  424  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  42.46 
 
 		 547 aa  414  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.97 
 
 		 563 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  40.71 
 
 		 547 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.11 
 
 		 563 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.11 
 
 		 563 aa  391  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  38.89 
 
 		 558 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  38.73 
 
 		 547 aa  365  1e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  34.92 
 
 		 555 aa  357  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  34.73 
 
 		 555 aa  353  5.9999999999999994e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 607 aa  272  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 620 aa  253  9.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 630 aa  250  5e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 609 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 615 aa  243  7e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.52 
 
 		 598 aa  243  9e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 609 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 		 593 aa  237  4e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 610 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 608 aa  234  3e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 		 590 aa  234  3e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 596 aa  233  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 600 aa  233  7.000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  31.44 
 
 		 605 aa  231  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 622 aa  230  6e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.49 
 
 		 597 aa  229  8e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 599 aa  229  1e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 595 aa  228  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 		 604 aa  228  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 		 596 aa  228  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 		 645 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.25 
 
 		 612 aa  226  6e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  29.91 
 
 		 605 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 590 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.42 
 
 		 610 aa  225  1e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  30.88 
 
 		 599 aa  226  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 		 598 aa  224  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 597 aa  224  3e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 623 aa  224  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 618 aa  224  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 647 aa  224  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 606 aa  223  6e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 626 aa  223  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  27.5 
 
 		 607 aa  223  6e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.12 
 
 		 599 aa  223  8e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.31 
 
 		 597 aa  223  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  29.78 
 
 		 600 aa  223  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  29.31 
 
 		 597 aa  223  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 		 599 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 602 aa  221  3e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 609 aa  221  3e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 603 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 606 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 609 aa  220  5e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  30.94 
 
 		 600 aa  220  6e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.83 
 
 		 602 aa  220  7e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.97 
 
 		 614 aa  219  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 		 599 aa  219  8.999999999999998e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 602 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 597 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 602 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 602 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 		 610 aa  217  4e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 633 aa  217  4e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 612 aa  217  5e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 616 aa  216  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 603 aa  216  9.999999999999999e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 609 aa  215  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 		 592 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>