More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4205 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 551 aa  1133    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  72.43 
 
 		 555 aa  842    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  72.07 
 
 		 555 aa  839    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  74.59 
 
 		 555 aa  872    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  51.62 
 
 		 555 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  51.18 
 
 		 563 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  48.73 
 
 		 553 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  48.18 
 
 		 598 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  47.82 
 
 		 553 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  48.18 
 
 		 598 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  49.1 
 
 		 560 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  46.33 
 
 		 546 aa  501  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  44.94 
 
 		 559 aa  492  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  47.12 
 
 		 559 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  45.9 
 
 		 566 aa  482  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  44.97 
 
 		 546 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 		 551 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 554 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 554 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  41.05 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  43.17 
 
 		 547 aa  445  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 575 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 554 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 		 551 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  42.8 
 
 		 551 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  40.33 
 
 		 554 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  41.41 
 
 		 555 aa  436  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  40.51 
 
 		 551 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  40.51 
 
 		 554 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 554 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 554 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  40.51 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  39.24 
 
 		 554 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  39.78 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.74 
 
 		 563 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 547 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  36.81 
 
 		 555 aa  388  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  36.63 
 
 		 555 aa  387  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 		 563 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.14 
 
 		 563 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  37.96 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 607 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 596 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 590 aa  256  7e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 626 aa  253  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  32.05 
 
 		 592 aa  248  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 618 aa  248  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.15 
 
 		 610 aa  244  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 623 aa  244  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 592 aa  241  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.3 
 
 		 610 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 600 aa  236  6e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 609 aa  236  9e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 		 610 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 607 aa  234  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 		 597 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 		 610 aa  233  8.000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 605 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 		 610 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 		 620 aa  231  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 601 aa  229  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 605 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.12 
 
 		 587 aa  227  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 601 aa  226  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 593 aa  226  6e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 630 aa  226  8e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  30.45 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 612 aa  224  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.11 
 
 		 602 aa  223  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 603 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 599 aa  221  1.9999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  30.35 
 
 		 647 aa  221  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  28.77 
 
 		 611 aa  221  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 613 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 604 aa  221  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 602 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 		 592 aa  220  5e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 		 609 aa  220  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.03 
 
 		 597 aa  219  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 592 aa  219  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.22 
 
 		 601 aa  219  7.999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 610 aa  219  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.34 
 
 		 612 aa  219  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 616 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.96 
 
 		 602 aa  217  4e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.21 
 
 		 606 aa  217  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 616 aa  217  5e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 633 aa  216  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 596 aa  216  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 607 aa  216  8e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.85 
 
 		 608 aa  216  9e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.7 
 
 		 602 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  28.3 
 
 		 602 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  31.66 
 
 		 597 aa  214  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.93 
 
 		 598 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  29.85 
 
 		 606 aa  213  4.9999999999999996e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  30.35 
 
 		 663 aa  213  5.999999999999999e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.11 
 
 		 600 aa  213  7.999999999999999e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 610 aa  213  7.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>