More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3097 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  64.89 
 
 		 604 aa  761    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 599 aa  1195    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  58.79 
 
 		 599 aa  688    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.61 
 
 		 597 aa  664    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  54.62 
 
 		 616 aa  645    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  57.79 
 
 		 599 aa  676    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  54.82 
 
 		 599 aa  632  1e-180  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  51.41 
 
 		 601 aa  632  1e-180  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  55.74 
 
 		 593 aa  634  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  53.85 
 
 		 605 aa  627  1e-178  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  51.66 
 
 		 602 aa  615  1e-175  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  52.09 
 
 		 599 aa  614  9.999999999999999e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  51.92 
 
 		 598 aa  608  1e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  50.25 
 
 		 600 aa  602  1.0000000000000001e-171  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  56.42 
 
 		 612 aa  597  1e-169  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  50.92 
 
 		 607 aa  597  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  51.15 
 
 		 600 aa  597  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  50.17 
 
 		 602 aa  597  1e-169  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  56.06 
 
 		 632 aa  591  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  52.25 
 
 		 606 aa  590  1e-167  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  53.18 
 
 		 606 aa  590  1e-167  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  50.34 
 
 		 595 aa  589  1e-167  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  52.76 
 
 		 606 aa  590  1e-167  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  50.25 
 
 		 601 aa  586  1e-166  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  51.83 
 
 		 603 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 		 597 aa  583  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 		 604 aa  581  1e-164  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  51.75 
 
 		 599 aa  578  1e-164  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  49.67 
 
 		 615 aa  580  1e-164  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  49 
 
 		 597 aa  575  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  49.83 
 
 		 602 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  48.83 
 
 		 597 aa  571  1e-161  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  51.16 
 
 		 599 aa  569  1e-161  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  48.83 
 
 		 597 aa  571  1e-161  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  49.33 
 
 		 597 aa  566  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  50 
 
 		 600 aa  566  1e-160  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  50.16 
 
 		 622 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  49.17 
 
 		 597 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  49.83 
 
 		 600 aa  558  1e-157  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  49.09 
 
 		 619 aa  555  1e-157  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  49.26 
 
 		 615 aa  551  1e-155  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  50.33 
 
 		 608 aa  546  1e-154  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  47.67 
 
 		 602 aa  544  1e-153  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  48.78 
 
 		 609 aa  537  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  49.08 
 
 		 606 aa  530  1e-149  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  49.25 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  49.67 
 
 		 596 aa  527  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  47.4 
 
 		 591 aa  527  1e-148  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  45.39 
 
 		 611 aa  507  9.999999999999999e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  47.41 
 
 		 609 aa  508  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  47.14 
 
 		 606 aa  503  1e-141  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  42.72 
 
 		 603 aa  501  1e-140  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  41.1 
 
 		 618 aa  484  1e-135  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  43.35 
 
 		 607 aa  465  1e-129  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  45.21 
 
 		 612 aa  460  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  40.03 
 
 		 679 aa  431  1e-119  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  38.77 
 
 		 701 aa  423  1e-117  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  40.78 
 
 		 682 aa  420  1e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 		 590 aa  412  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  39.8 
 
 		 677 aa  410  1e-113  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  40.06 
 
 		 622 aa  404  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 		 594 aa  390  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  40.44 
 
 		 607 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  40.65 
 
 		 605 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 607 aa  382  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  39.86 
 
 		 604 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  39.9 
 
 		 622 aa  376  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  39.77 
 
 		 604 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  40.2 
 
 		 604 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 617 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 		 649 aa  367  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  39.07 
 
 		 606 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  37.54 
 
 		 602 aa  357  5e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 		 606 aa  356  5.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.21 
 
 		 592 aa  356  7.999999999999999e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 612 aa  355  1e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 		 606 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.02 
 
 		 610 aa  354  2e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 609 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 602 aa  345  1e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 602 aa  344  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 602 aa  344  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.22 
 
 		 610 aa  343  4e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  37.34 
 
 		 635 aa  343  7e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.522834  normal  0.0456544 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 633 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 603 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 610 aa  340  4e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 603 aa  340  5e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 598 aa  339  7e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 597 aa  339  9e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 610 aa  339  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 616 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 610 aa  335  1e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 610 aa  333  4e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  34.62 
 
 		 592 aa  333  5e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 607 aa  333  5e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 596 aa  332  9e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 660 aa  332  1e-89  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 613 aa  329  8e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 603 aa  327  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>