More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2125 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  93.86 
 
 
603 aa  1167    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  60.86 
 
 
603 aa  788    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
603 aa  1244    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  41.68 
 
 
610 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  40.73 
 
 
607 aa  462  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  42.21 
 
 
610 aa  456  1e-127  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 
610 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  41.32 
 
 
633 aa  455  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  40.63 
 
 
609 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  41.91 
 
 
610 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  39.07 
 
 
610 aa  438  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  42.25 
 
 
605 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 
633 aa  430  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  42.4 
 
 
592 aa  428  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 
607 aa  419  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  41.5 
 
 
604 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  41.69 
 
 
604 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  41.53 
 
 
604 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.15 
 
 
601 aa  405  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 
596 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
622 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 
594 aa  400  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 
612 aa  400  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  37.41 
 
 
598 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 
612 aa  400  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 
590 aa  389  1e-107  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  39.4 
 
 
601 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 
598 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 
597 aa  389  1e-106  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  37.88 
 
 
617 aa  388  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  38.45 
 
 
599 aa  384  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
602 aa  383  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 
601 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 
592 aa  385  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 
637 aa  383  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 
601 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 
649 aa  384  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  38.07 
 
 
601 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  36.73 
 
 
592 aa  377  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  38.51 
 
 
606 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.7 
 
 
602 aa  378  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0191  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 
605 aa  378  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353972  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 
595 aa  378  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
601 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 
601 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  36.47 
 
 
611 aa  373  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 
601 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  35.19 
 
 
602 aa  375  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 
598 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 
602 aa  372  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  36.22 
 
 
601 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
590 aa  372  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  36.22 
 
 
588 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 
601 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 
601 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  36.07 
 
 
587 aa  369  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
597 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
597 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
597 aa  371  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  36.78 
 
 
568 aa  368  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 
605 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 
616 aa  366  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
598 aa  365  1e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
606 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 
610 aa  363  4e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 
605 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
606 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 
601 aa  360  3e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
601 aa  360  4e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 
598 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 
602 aa  357  3.9999999999999996e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
602 aa  356  5.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
602 aa  356  5.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
602 aa  355  8.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 
599 aa  355  1e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 
607 aa  354  2e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 
599 aa  354  2.9999999999999997e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 
613 aa  353  5e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 
607 aa  353  5e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2949  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
591 aa  353  5e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179874  normal  0.0506355 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 
669 aa  352  8e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 
604 aa  352  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 
600 aa  352  1e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 
630 aa  351  2e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 
580 aa  350  6e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  34.32 
 
 
580 aa  349  7e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 
598 aa  349  9e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  35.64 
 
 
600 aa  349  1e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 
597 aa  349  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
602 aa  348  2e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  36.44 
 
 
602 aa  347  3e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 
597 aa  347  4e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 
652 aa  346  8.999999999999999e-94  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 
602 aa  345  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
613 aa  345  2e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 
596 aa  343  7e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 
609 aa  341  2e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 
612 aa  341  2e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
592 aa  341  2e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 
597 aa  341  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>