More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1932 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 590 aa  1169    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  47.43 
 
 		 635 aa  494  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.522834  normal  0.0456544 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  47.88 
 
 		 599 aa  476  1e-133  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  45.88 
 
 		 597 aa  477  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  47.62 
 
 		 596 aa  474  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  47.52 
 
 		 599 aa  475  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  45.07 
 
 		 600 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  45.18 
 
 		 597 aa  462  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  43 
 
 		 605 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.41 
 
 		 597 aa  462  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  43.9 
 
 		 597 aa  460  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  46.8 
 
 		 599 aa  452  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  44.14 
 
 		 599 aa  450  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  44.07 
 
 		 616 aa  451  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  43.28 
 
 		 598 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  43.76 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  41.24 
 
 		 599 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  42.38 
 
 		 600 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  42.48 
 
 		 602 aa  445  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  42.32 
 
 		 615 aa  441  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  43.46 
 
 		 595 aa  440  9.999999999999999e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  45.86 
 
 		 599 aa  441  9.999999999999999e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  42.24 
 
 		 593 aa  437  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  43.98 
 
 		 604 aa  432  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  44.03 
 
 		 612 aa  432  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  42.81 
 
 		 601 aa  430  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  41.89 
 
 		 619 aa  431  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.89 
 
 		 606 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  43.94 
 
 		 600 aa  427  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  43.31 
 
 		 622 aa  426  1e-118  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  41.27 
 
 		 601 aa  427  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  44.03 
 
 		 632 aa  425  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.06 
 
 		 612 aa  424  1e-117  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  43.3 
 
 		 615 aa  424  1e-117  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  41.26 
 
 		 600 aa  422  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.98 
 
 		 602 aa  419  1e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  42.58 
 
 		 602 aa  421  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  45.07 
 
 		 606 aa  421  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  40.97 
 
 		 607 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 604 aa  418  9.999999999999999e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  44.5 
 
 		 602 aa  418  9.999999999999999e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  41.59 
 
 		 591 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  42.48 
 
 		 597 aa  415  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 597 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 597 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  42.67 
 
 		 606 aa  410  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  43.83 
 
 		 606 aa  409  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  42.93 
 
 		 599 aa  409  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  41.89 
 
 		 609 aa  409  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  41.04 
 
 		 603 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 		 609 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  44.8 
 
 		 608 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  39.37 
 
 		 606 aa  390  1e-107  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.45 
 
 		 611 aa  382  1e-104  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  42.09 
 
 		 622 aa  379  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  40.07 
 
 		 603 aa  375  1e-102  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  39.55 
 
 		 607 aa  366  1e-100  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  39.57 
 
 		 618 aa  363  6e-99  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  37.79 
 
 		 679 aa  352  1e-95  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  37.09 
 
 		 682 aa  337  3.9999999999999995e-91  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  37.66 
 
 		 677 aa  329  7e-89  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  35.41 
 
 		 701 aa  323  8e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 594 aa  319  7e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 610 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 607 aa  312  1e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 612 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 598 aa  306  5.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 		 592 aa  306  7e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 609 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 610 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  33.05 
 
 		 602 aa  305  2.0000000000000002e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 617 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 610 aa  303  7.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 603 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 604 aa  302  9e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 604 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  32.33 
 
 		 610 aa  301  2e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 604 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 649 aa  300  4e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 633 aa  294  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 603 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.53 
 
 		 610 aa  292  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.27 
 
 		 602 aa  292  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 605 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 633 aa  291  2e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 603 aa  291  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 592 aa  290  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 606 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 602 aa  290  7e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 602 aa  290  7e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 		 590 aa  289  9e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 602 aa  289  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 598 aa  288  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 606 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 606 aa  288  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 601 aa  287  5e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 590 aa  286  7e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 592 aa  286  8e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 607 aa  286  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 598 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>