More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0812 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  65.79 
 
 		 701 aa  930    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  100 
 
 		 679 aa  1409    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  52.27 
 
 		 607 aa  616  1e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  42.57 
 
 		 618 aa  510  1e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  44.14 
 
 		 603 aa  499  1e-140  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  45.03 
 
 		 606 aa  482  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  43.22 
 
 		 608 aa  480  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  42.66 
 
 		 604 aa  465  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  40.76 
 
 		 602 aa  466  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  42.34 
 
 		 677 aa  466  9.999999999999999e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.54 
 
 		 602 aa  465  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.64 
 
 		 597 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.69 
 
 		 599 aa  462  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  42.93 
 
 		 599 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 602 aa  462  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  43.36 
 
 		 599 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  41.71 
 
 		 593 aa  458  1e-127  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  40.66 
 
 		 599 aa  457  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  40.95 
 
 		 682 aa  457  1e-127  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  42.52 
 
 		 606 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.24 
 
 		 606 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  41.74 
 
 		 597 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  41.74 
 
 		 597 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  41.74 
 
 		 597 aa  452  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  39.94 
 
 		 616 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.25 
 
 		 599 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  40.6 
 
 		 600 aa  445  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 		 600 aa  445  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  38.99 
 
 		 619 aa  443  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 600 aa  445  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 		 603 aa  439  9.999999999999999e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  41.67 
 
 		 622 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  41.85 
 
 		 606 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 		 600 aa  441  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  40.35 
 
 		 611 aa  441  9.999999999999999e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  40.8 
 
 		 605 aa  439  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  40.53 
 
 		 607 aa  431  1e-119  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  41.24 
 
 		 598 aa  432  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 		 599 aa  428  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 602 aa  428  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  39.8 
 
 		 597 aa  424  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  39.37 
 
 		 601 aa  423  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 		 595 aa  423  1e-117  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.01 
 
 		 606 aa  421  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  40.5 
 
 		 604 aa  421  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  40.03 
 
 		 599 aa  419  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  39.64 
 
 		 602 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 601 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.73 
 
 		 612 aa  410  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  39.9 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  39.46 
 
 		 591 aa  402  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 		 597 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  39.19 
 
 		 609 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 597 aa  392  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  38.29 
 
 		 612 aa  386  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 596 aa  382  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  38.34 
 
 		 632 aa  373  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 		 622 aa  345  1e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 590 aa  342  2e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 617 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 605 aa  337  5e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 604 aa  331  3e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 604 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 610 aa  330  5.0000000000000004e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.06 
 
 		 604 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 597 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 602 aa  321  3e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 612 aa  320  7.999999999999999e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 602 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 602 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 607 aa  318  3e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 594 aa  316  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 649 aa  311  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 633 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 613 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 		 607 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 606 aa  307  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 630 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 598 aa  304  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  33.75 
 
 		 592 aa  303  6.000000000000001e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 633 aa  302  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 622 aa  302  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  32.99 
 
 		 606 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 606 aa  299  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 596 aa  299  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 590 aa  298  3e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  32.01 
 
 		 611 aa  297  4e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 590 aa  297  4e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 592 aa  296  8e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 602 aa  293  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 592 aa  292  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 613 aa  291  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 		 598 aa  291  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 608 aa  291  3e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 605 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.91 
 
 		 610 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 612 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 626 aa  285  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>