More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4936 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 626 aa  1286    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  79.84 
 
 		 618 aa  1036    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  74.64 
 
 		 623 aa  983    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  43.04 
 
 		 607 aa  517  1.0000000000000001e-145  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 		 609 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 		 649 aa  434  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 610 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 649 aa  431  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  37.58 
 
 		 647 aa  427  1e-118  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 611 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 603 aa  409  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 633 aa  409  1e-113  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 		 606 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 		 601 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 646 aa  398  1e-109  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 606 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 606 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 		 597 aa  394  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 651 aa  390  1e-107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 610 aa  385  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 644 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 682 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 645 aa  378  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 661 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 654 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 652 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 594 aa  372  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 		 607 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 		 596 aa  370  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 633 aa  369  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 631 aa  369  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 605 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 612 aa  368  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 616 aa  365  1e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 654 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 617 aa  364  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 655 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 653 aa  361  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 622 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 651 aa  358  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 603 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.16 
 
 		 642 aa  356  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 649 aa  355  1e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 		 607 aa  354  2.9999999999999997e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 633 aa  352  1e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 648 aa  350  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 602 aa  348  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 610 aa  348  2e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 658 aa  348  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 650 aa  347  4e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  34 
 
 		 630 aa  346  6e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 602 aa  346  7e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 653 aa  345  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 602 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 602 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  34.33 
 
 		 630 aa  344  2.9999999999999997e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 613 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 603 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  32.62 
 
 		 653 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 657 aa  342  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 613 aa  341  2e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 602 aa  342  2e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 643 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 643 aa  339  8e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  31.18 
 
 		 656 aa  339  9.999999999999999e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.33 
 
 		 650 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 608 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 648 aa  337  5e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 630 aa  337  5.999999999999999e-91  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  33.28 
 
 		 656 aa  336  7e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 610 aa  336  7.999999999999999e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 642 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 604 aa  334  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 612 aa  333  4e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 661 aa  333  6e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 604 aa  333  7.000000000000001e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 642 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 603 aa  332  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.89 
 
 		 604 aa  329  7e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  33.79 
 
 		 592 aa  329  9e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 		 610 aa  329  9e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 602 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 655 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 601 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 610 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 607 aa  328  3e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  32.99 
 
 		 601 aa  328  3e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 655 aa  327  3e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.99 
 
 		 601 aa  328  3e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  31.6 
 
 		 611 aa  327  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  32.72 
 
 		 588 aa  326  7e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 		 654 aa  326  9e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 608 aa  326  9e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 648 aa  325  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 648 aa  325  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 655 aa  324  4e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 636 aa  323  5e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 609 aa  323  6e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 598 aa  323  7e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 598 aa  322  9.999999999999999e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>