More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0949 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  55.22 
 
 		 618 aa  730    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  100 
 
 		 603 aa  1243    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  44.52 
 
 		 608 aa  537  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  44.85 
 
 		 604 aa  533  1e-150  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  44 
 
 		 599 aa  523  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  44 
 
 		 606 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  46.03 
 
 		 606 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  43.75 
 
 		 607 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  44.35 
 
 		 606 aa  514  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  45.33 
 
 		 606 aa  510  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  44.28 
 
 		 600 aa  511  1e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  44.3 
 
 		 602 aa  504  1e-141  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 		 602 aa  503  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  44.14 
 
 		 679 aa  499  1e-140  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  44.69 
 
 		 599 aa  502  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  44.05 
 
 		 605 aa  497  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.95 
 
 		 599 aa  498  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  42.12 
 
 		 603 aa  494  9.999999999999999e-139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  42.19 
 
 		 599 aa  493  9.999999999999999e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.33 
 
 		 597 aa  494  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  42.81 
 
 		 602 aa  494  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  42.43 
 
 		 602 aa  489  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  42.79 
 
 		 602 aa  486  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  41.91 
 
 		 601 aa  487  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.78 
 
 		 611 aa  486  1e-136  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  42.21 
 
 		 616 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  42.07 
 
 		 607 aa  479  1e-134  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  42.52 
 
 		 599 aa  478  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  42.19 
 
 		 677 aa  481  1e-134  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 615 aa  477  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 		 622 aa  476  1e-133  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  40.46 
 
 		 682 aa  475  1e-133  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  40.77 
 
 		 601 aa  472  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  40.96 
 
 		 619 aa  474  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  42.74 
 
 		 600 aa  474  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  42.12 
 
 		 609 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 		 595 aa  465  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  41.36 
 
 		 701 aa  467  9.999999999999999e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  42.18 
 
 		 599 aa  468  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  40.7 
 
 		 597 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  40.7 
 
 		 597 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  40.7 
 
 		 597 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  40.63 
 
 		 599 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  40.77 
 
 		 600 aa  458  1e-127  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 593 aa  455  1e-127  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  40.76 
 
 		 604 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  40.7 
 
 		 598 aa  449  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  41.29 
 
 		 609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  42.1 
 
 		 597 aa  440  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  39.31 
 
 		 600 aa  441  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  39.35 
 
 		 591 aa  438  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  40.25 
 
 		 615 aa  429  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 		 596 aa  429  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  39.6 
 
 		 632 aa  426  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 612 aa  425  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  40.18 
 
 		 606 aa  410  1e-113  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  38.98 
 
 		 612 aa  407  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  38.31 
 
 		 597 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 597 aa  382  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 605 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 604 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 594 aa  377  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 604 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 607 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  40.18 
 
 		 590 aa  365  1e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.32 
 
 		 597 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 617 aa  347  4e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.91 
 
 		 622 aa  344  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 607 aa  344  2.9999999999999997e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 602 aa  339  7e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 606 aa  339  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 602 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 602 aa  339  9.999999999999999e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 602 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 606 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 612 aa  337  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 606 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 603 aa  333  5e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 649 aa  331  2e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 603 aa  331  3e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 633 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  32.69 
 
 		 592 aa  330  5.0000000000000004e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 603 aa  329  8e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 		 596 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 607 aa  326  6e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 		 622 aa  325  1e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 652 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 669 aa  320  3.9999999999999996e-86  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 610 aa  320  7e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 610 aa  319  1e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 580 aa  318  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.68 
 
 		 610 aa  318  2e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.7 
 
 		 610 aa  317  4e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 598 aa  317  5e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 596 aa  315  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 590 aa  315  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 592 aa  315  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 590 aa  315  1.9999999999999998e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  33.11 
 
 		 580 aa  314  2.9999999999999996e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>