More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3503 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 618 aa  1278    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  79.84 
 
 		 626 aa  1036    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  74.27 
 
 		 623 aa  968    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  42.79 
 
 		 607 aa  509  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  41.39 
 
 		 609 aa  468  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  39.07 
 
 		 610 aa  441  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 611 aa  430  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  37.87 
 
 		 603 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  37 
 
 		 647 aa  422  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  37.42 
 
 		 649 aa  421  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 601 aa  422  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 649 aa  418  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 633 aa  410  1e-113  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  38.86 
 
 		 606 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 606 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  37.69 
 
 		 606 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 646 aa  397  1e-109  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 616 aa  387  1e-106  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 651 aa  389  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 610 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 597 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 607 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 652 aa  379  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 594 aa  369  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 633 aa  372  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 631 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 		 617 aa  371  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 661 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  35.48 
 
 		 642 aa  369  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 622 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 654 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 654 aa  364  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 		 649 aa  362  8e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 612 aa  361  2e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 605 aa  359  6e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 596 aa  357  5e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 		 650 aa  356  5.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 633 aa  354  2.9999999999999997e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 655 aa  353  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 607 aa  353  5e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 643 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 644 aa  352  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 613 aa  352  1e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 682 aa  352  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 		 613 aa  351  2e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 643 aa  350  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 648 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 642 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 612 aa  348  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 602 aa  348  2e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 602 aa  347  3e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 657 aa  347  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 602 aa  346  6e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.16 
 
 		 630 aa  346  6e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 602 aa  346  6e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 642 aa  345  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 655 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.77 
 
 		 650 aa  343  4e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  33.72 
 
 		 630 aa  343  7e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 604 aa  343  8e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 651 aa  342  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 604 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 603 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 604 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  31.11 
 
 		 645 aa  338  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 610 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 603 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 610 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  34.47 
 
 		 607 aa  335  2e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 630 aa  333  4e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  33.49 
 
 		 608 aa  333  4e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  32.99 
 
 		 611 aa  332  2e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 602 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 610 aa  331  3e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 601 aa  329  9e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 643 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 603 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 601 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 		 653 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.13 
 
 		 610 aa  326  6e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.62 
 
 		 610 aa  326  9e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 610 aa  325  2e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 609 aa  324  3e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  32.41 
 
 		 656 aa  323  6e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 648 aa  322  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  33.22 
 
 		 601 aa  322  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 601 aa  322  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 658 aa  321  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  31.9 
 
 		 602 aa  321  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  33.04 
 
 		 588 aa  320  7e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  30.02 
 
 		 656 aa  319  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 653 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 648 aa  318  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 655 aa  318  3e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 636 aa  317  4e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.16 
 
 		 602 aa  317  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 648 aa  317  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 592 aa  316  8e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.56 
 
 		 599 aa  316  8e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 648 aa  316  9e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>