More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3811 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
547 aa  1140    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  52.54 
 
 
547 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  51.1 
 
 
547 aa  602  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  44.28 
 
 
559 aa  482  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  44.79 
 
 
546 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 
554 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 
554 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  44.17 
 
 
554 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 
554 aa  465  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  43.98 
 
 
554 aa  458  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 
554 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 
554 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 
554 aa  455  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  43.13 
 
 
551 aa  458  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  41.81 
 
 
551 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  43.74 
 
 
554 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  40.49 
 
 
546 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  41.79 
 
 
555 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
551 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  41.12 
 
 
551 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 
555 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  42.37 
 
 
575 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 
555 aa  420  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.81 
 
 
563 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 
555 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.11 
 
 
563 aa  411  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  40.52 
 
 
558 aa  411  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  39.86 
 
 
563 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.93 
 
 
563 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  39.6 
 
 
555 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  40.71 
 
 
559 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  39.42 
 
 
555 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 
551 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  36.23 
 
 
555 aa  360  5e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  38.06 
 
 
560 aa  360  5e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  36.41 
 
 
555 aa  358  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  39.58 
 
 
598 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  39.58 
 
 
598 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
553 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  38.24 
 
 
553 aa  351  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
566 aa  341  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.15 
 
 
610 aa  260  6e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 
606 aa  259  7e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  29.83 
 
 
607 aa  259  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 
609 aa  258  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.6 
 
 
610 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 
590 aa  254  2.0000000000000002e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.96 
 
 
592 aa  252  1e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 
600 aa  251  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 
633 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 
610 aa  250  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 
593 aa  250  6e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.6 
 
 
592 aa  246  6.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.1 
 
 
599 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.26 
 
 
597 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 
599 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 
607 aa  243  7e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
603 aa  242  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 
596 aa  241  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 
598 aa  240  4e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 
604 aa  240  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 
597 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 
604 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
607 aa  237  4e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
612 aa  236  6e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
601 aa  236  9e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 
610 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 
610 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 
604 aa  233  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 
603 aa  233  9e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 
626 aa  232  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  29.6 
 
 
587 aa  232  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 
616 aa  232  1e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
596 aa  232  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 
590 aa  231  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 
606 aa  231  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.78 
 
 
602 aa  231  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  29.98 
 
 
580 aa  230  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 
620 aa  230  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.65 
 
 
612 aa  230  4e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 
598 aa  230  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 
580 aa  230  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 
598 aa  229  9e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.31 
 
 
603 aa  228  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 
615 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 
618 aa  228  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 
622 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 
606 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.49 
 
 
599 aa  228  3e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.88 
 
 
602 aa  228  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
602 aa  227  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  29.86 
 
 
568 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 
603 aa  226  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 
598 aa  226  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 
600 aa  226  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 
605 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 
591 aa  226  1e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  26.64 
 
 
594 aa  225  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
597 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 
630 aa  224  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>