More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0998 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  63.28 
 
 		 559 aa  743    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 546 aa  1130    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  48.62 
 
 		 551 aa  552  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  49.17 
 
 		 554 aa  545  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 554 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 554 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  49.34 
 
 		 551 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  48.62 
 
 		 554 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 554 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 		 575 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  49.62 
 
 		 555 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  48.62 
 
 		 554 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  47.34 
 
 		 551 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  48.32 
 
 		 551 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  48.71 
 
 		 555 aa  528  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  47.19 
 
 		 555 aa  530  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  47.89 
 
 		 554 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  47.62 
 
 		 547 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  47.1 
 
 		 555 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  47.1 
 
 		 555 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 		 555 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  45.2 
 
 		 546 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  46.33 
 
 		 551 aa  501  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.09 
 
 		 563 aa  489  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  44.69 
 
 		 558 aa  481  1e-134  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  44.79 
 
 		 547 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.82 
 
 		 563 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.92 
 
 		 563 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  44.67 
 
 		 563 aa  462  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  42.96 
 
 		 547 aa  445  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  41.76 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  43.45 
 
 		 559 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  40.26 
 
 		 598 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  40.45 
 
 		 553 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  40.26 
 
 		 598 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  40.93 
 
 		 553 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  41.13 
 
 		 566 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  38.46 
 
 		 555 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  37.59 
 
 		 555 aa  395  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 		 623 aa  263  8.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 607 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 		 596 aa  253  9.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 		 626 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 609 aa  250  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 618 aa  250  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 604 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 604 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 647 aa  248  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 602 aa  247  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 592 aa  246  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 620 aa  246  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  32.38 
 
 		 592 aa  245  9.999999999999999e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 604 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 590 aa  244  3e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.03 
 
 		 610 aa  243  7e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  31.22 
 
 		 597 aa  243  7e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 602 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.95 
 
 		 610 aa  241  2e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 590 aa  238  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 609 aa  237  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 602 aa  237  4e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 601 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 		 605 aa  236  7e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 602 aa  236  8e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 602 aa  236  8e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  28.75 
 
 		 601 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 607 aa  234  3e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 633 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 612 aa  233  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  30.44 
 
 		 613 aa  233  6e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.21 
 
 		 616 aa  233  7.000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 610 aa  233  7.000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 		 601 aa  233  8.000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  29.24 
 
 		 607 aa  233  8.000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 596 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 		 603 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 607 aa  231  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 603 aa  230  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 610 aa  230  6e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 604 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.48 
 
 		 592 aa  229  1e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 		 609 aa  229  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  29.09 
 
 		 587 aa  228  2e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  28.71 
 
 		 610 aa  228  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 603 aa  227  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 612 aa  227  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 		 605 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 		 663 aa  225  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  30.33 
 
 		 773 aa  225  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.227779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 607 aa  226  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  29.78 
 
 		 600 aa  225  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  28.8 
 
 		 588 aa  224  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 		 601 aa  224  4e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  28.01 
 
 		 601 aa  223  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 		 601 aa  223  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  29.91 
 
 		 599 aa  222  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 612 aa  222  9.999999999999999e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  30.44 
 
 		 599 aa  222  9.999999999999999e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>