More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3577 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  72.28 
 
 		 609 aa  915    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 630 aa  1279    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  91.11 
 
 		 635 aa  1172    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  88.73 
 
 		 631 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  54.31 
 
 		 617 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  52.71 
 
 		 626 aa  614  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  51.72 
 
 		 619 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  48.3 
 
 		 617 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  50.9 
 
 		 619 aa  600  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  49.68 
 
 		 618 aa  595  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  49.27 
 
 		 627 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  50.84 
 
 		 624 aa  585  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  49.74 
 
 		 589 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  48.21 
 
 		 648 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  48.84 
 
 		 633 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  50.9 
 
 		 640 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  49 
 
 		 626 aa  580  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  50.62 
 
 		 589 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  51.1 
 
 		 671 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  48.01 
 
 		 606 aa  570  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  49.27 
 
 		 633 aa  558  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  48.92 
 
 		 628 aa  551  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  49.08 
 
 		 633 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  49.08 
 
 		 630 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  49.08 
 
 		 633 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  48.58 
 
 		 635 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  48.13 
 
 		 632 aa  531  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  45.74 
 
 		 625 aa  526  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  44.92 
 
 		 643 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  48.29 
 
 		 618 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  48.29 
 
 		 618 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  45.87 
 
 		 617 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  48.17 
 
 		 611 aa  510  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  43.96 
 
 		 618 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  43.18 
 
 		 618 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  43.56 
 
 		 631 aa  453  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  44.69 
 
 		 605 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  42.41 
 
 		 599 aa  440  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  42.09 
 
 		 624 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  41.69 
 
 		 624 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  40.83 
 
 		 619 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  42.42 
 
 		 620 aa  431  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  41.23 
 
 		 624 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  42.55 
 
 		 622 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  39.17 
 
 		 629 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  41.15 
 
 		 573 aa  408  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  38.77 
 
 		 631 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  37.01 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  36.97 
 
 		 626 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  36.81 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  46.44 
 
 		 279 aa  230  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 560 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 		 592 aa  131  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 		 606 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 		 606 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  25.99 
 
 		 617 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 		 606 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  25.71 
 
 		 607 aa  118  3e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0835  feruloyl-CoA synthetase  46.58 
 
 		 312 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 		 620 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  25.78 
 
 		 607 aa  114  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 		 630 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  24.02 
 
 		 598 aa  110  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  23.78 
 
 		 607 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  24.13 
 
 		 610 aa  107  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  24.83 
 
 		 559 aa  107  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  22.9 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  24.87 
 
 		 598 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  23.64 
 
 		 612 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  25.04 
 
 		 604 aa  105  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  23 
 
 		 606 aa  105  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 		 598 aa  104  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  25.04 
 
 		 633 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  23.09 
 
 		 598 aa  103  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  25.39 
 
 		 613 aa  103  9e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2243  AMP-dependent synthetase and ligase  24.05 
 
 		 562 aa  103  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.868297 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  22.66 
 
 		 590 aa  103  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 620 aa  102  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.09 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  24.83 
 
 		 647 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  24.88 
 
 		 649 aa  102  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  23.71 
 
 		 679 aa  101  4e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 		 5154 aa  101  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  21.7 
 
 		 587 aa  101  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.11 
 
 		 563 aa  101  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  22.04 
 
 		 601 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  27.24 
 
 		 4575 aa  99.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  24.92 
 
 		 616 aa  99.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.549582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  22.04 
 
 		 601 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  29.54 
 
 		 527 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  23.49 
 
 		 597 aa  99.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  24.71 
 
 		 612 aa  99  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  21.88 
 
 		 601 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  22.2 
 
 		 601 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  23.86 
 
 		 597 aa  98.2  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  21.64 
 
 		 555 aa  98.2  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0660  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.47 
 
 		 645 aa  97.4  7e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711243  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  24.81 
 
 		 701 aa  97.1  8e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  23.33 
 
 		 553 aa  97.1  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>