More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3607 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  79.45 
 
 		 622 aa  1000    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  87.5 
 
 		 624 aa  1100    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  87.5 
 
 		 624 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 624 aa  1279    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  52.03 
 
 		 618 aa  650    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  46.41 
 
 		 618 aa  536  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  47.76 
 
 		 620 aa  534  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  44.67 
 
 		 617 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  45.25 
 
 		 625 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  42.79 
 
 		 606 aa  481  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  42.11 
 
 		 629 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  44.59 
 
 		 626 aa  471  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  43.37 
 
 		 609 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  42.3 
 
 		 619 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  42.79 
 
 		 626 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  42.74 
 
 		 619 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  43.8 
 
 		 630 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  41.22 
 
 		 619 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  41.32 
 
 		 631 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  43.64 
 
 		 635 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  43.56 
 
 		 631 aa  457  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  41.79 
 
 		 643 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  41.95 
 
 		 627 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  43.68 
 
 		 589 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  41.86 
 
 		 631 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  40.44 
 
 		 627 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  43 
 
 		 628 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  42.29 
 
 		 648 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  41.82 
 
 		 599 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  45.23 
 
 		 617 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  38.71 
 
 		 617 aa  450  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  42.09 
 
 		 630 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  42.02 
 
 		 635 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  43.87 
 
 		 633 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  41.32 
 
 		 603 aa  449  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  43.87 
 
 		 633 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  42.88 
 
 		 626 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  41.41 
 
 		 633 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  42.74 
 
 		 671 aa  445  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  43.53 
 
 		 633 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  41.43 
 
 		 624 aa  438  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  42.86 
 
 		 640 aa  438  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  40.98 
 
 		 618 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  44.78 
 
 		 611 aa  438  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  41.75 
 
 		 605 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  41.89 
 
 		 589 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  43.94 
 
 		 618 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  43.94 
 
 		 618 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  41.49 
 
 		 632 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  36.5 
 
 		 573 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  44.44 
 
 		 279 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 		 590 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  26.08 
 
 		 630 aa  130  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 		 560 aa  128  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.06 
 
 		 587 aa  125  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 		 633 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  24.31 
 
 		 612 aa  119  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 		 601 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  25.21 
 
 		 633 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  22.78 
 
 		 602 aa  118  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.96 
 
 		 602 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  23.56 
 
 		 592 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.6 
 
 		 601 aa  114  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.35 
 
 		 592 aa  113  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  24.77 
 
 		 701 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  22.76 
 
 		 601 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  22.93 
 
 		 601 aa  110  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  22.01 
 
 		 679 aa  107  5e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 597 aa  107  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  22.77 
 
 		 596 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  22.43 
 
 		 598 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  23.09 
 
 		 604 aa  104  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.16 
 
 		 513 aa  104  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  26.41 
 
 		 597 aa  103  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  24.25 
 
 		 617 aa  103  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  23.32 
 
 		 601 aa  103  9e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  23.01 
 
 		 611 aa  103  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 606 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  28.78 
 
 		 508 aa  102  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  27.21 
 
 		 4930 aa  101  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  21.37 
 
 		 602 aa  100  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  24.84 
 
 		 547 aa  100  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  23.21 
 
 		 551 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  27.13 
 
 		 567 aa  100  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  21.89 
 
 		 601 aa  100  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  21.89 
 
 		 601 aa  100  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 		 682 aa  100  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 		 567 aa  99.8  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 		 644 aa  99.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  23.63 
 
 		 602 aa  99.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 		 606 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  26.48 
 
 		 559 aa  99.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  23.48 
 
 		 609 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  28.02 
 
 		 4575 aa  99  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  24.13 
 
 		 645 aa  98.6  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  22.15 
 
 		 588 aa  98.6  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  22.09 
 
 		 598 aa  98.2  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  22.2 
 
 		 598 aa  98.2  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  28.19 
 
 		 903 aa  98.2  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  23.88 
 
 		 597 aa  97.8  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>