More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0071 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  57.12 
 
 		 599 aa  707    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 605 aa  1233    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  53.19 
 
 		 619 aa  613  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  49.18 
 
 		 617 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  46.95 
 
 		 625 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  46.26 
 
 		 631 aa  480  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  45.17 
 
 		 626 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  44.69 
 
 		 630 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  43.09 
 
 		 626 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  43.32 
 
 		 635 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  42.79 
 
 		 606 aa  462  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  43.4 
 
 		 631 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  42.44 
 
 		 609 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  41.96 
 
 		 617 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  42.21 
 
 		 619 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  42.29 
 
 		 618 aa  442  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  41.72 
 
 		 619 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  43.7 
 
 		 628 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  43.7 
 
 		 633 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  43.7 
 
 		 633 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  43.38 
 
 		 630 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  43.67 
 
 		 589 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  42.88 
 
 		 624 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  43.56 
 
 		 640 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  41.75 
 
 		 624 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  42.69 
 
 		 617 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  42.71 
 
 		 648 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  41.71 
 
 		 618 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  42.98 
 
 		 635 aa  428  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  43.19 
 
 		 633 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  41.28 
 
 		 627 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  40.79 
 
 		 624 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  41.64 
 
 		 622 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  40.51 
 
 		 643 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  42.31 
 
 		 671 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  42.14 
 
 		 632 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  40.3 
 
 		 624 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  42.39 
 
 		 589 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  39.9 
 
 		 573 aa  408  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  40.8 
 
 		 633 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  41.72 
 
 		 618 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  41.72 
 
 		 618 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  41.25 
 
 		 611 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  40.1 
 
 		 620 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  40.14 
 
 		 603 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  38.63 
 
 		 629 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  39.2 
 
 		 618 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  38.68 
 
 		 626 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  38.13 
 
 		 631 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  38.58 
 
 		 627 aa  354  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  45.68 
 
 		 279 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 560 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  23.92 
 
 		 592 aa  125  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 		 590 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  24.05 
 
 		 612 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  24.31 
 
 		 606 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0631  malonyl-CoA synthase  24.63 
 
 		 507 aa  103  8e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 606 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 		 507 aa  101  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  24.19 
 
 		 604 aa  102  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  24.68 
 
 		 606 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  26.63 
 
 		 510 aa  100  9e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  26.36 
 
 		 500 aa  100  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_54151  long chain acyl-CoA synthetase  22.63 
 
 		 702 aa  100  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  28.36 
 
 		 506 aa  98.6  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  27.95 
 
 		 501 aa  98.2  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  25.92 
 
 		 530 aa  98.2  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  24.51 
 
 		 506 aa  97.8  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  22.9 
 
 		 647 aa  97.8  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  26.5 
 
 		 616 aa  96.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.549582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  26.26 
 
 		 510 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  24.65 
 
 		 506 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  25.1 
 
 		 536 aa  95.5  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  24.46 
 
 		 630 aa  94.7  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 		 507 aa  93.6  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  24.57 
 
 		 518 aa  93.6  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  24.91 
 
 		 607 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 		 903 aa  92  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 644 aa  92.8  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  25.37 
 
 		 501 aa  92.4  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 682 aa  92.8  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 504 aa  91.3  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  29.08 
 
 		 504 aa  91.3  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  27.12 
 
 		 501 aa  91.3  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 568 aa  91.3  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.240811  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1362  AMP-dependent synthetase and ligase  26.42 
 
 		 542 aa  91.3  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00632075  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 		 493 aa  90.9  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  28.46 
 
 		 508 aa  90.5  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00562  peroxisomal AMP binding enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11340)  25.83 
 
 		 533 aa  90.5  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  30.04 
 
 		 504 aa  90.5  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  29.39 
 
 		 503 aa  90.5  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 602 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  26.28 
 
 		 510 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 502 aa  89.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  26.81 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 602 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 602 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  24.52 
 
 		 519 aa  89.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1330  AMP-dependent synthetase and ligase  27.63 
 
 		 502 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 613 aa  89  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>